Ошибка при построении изображения windows xp

Затем укажите хост в строке подключения:

/pg_test.py

  "" "Проверить соединение с PostgreSQL."" "
импорт psycopg2

conn = psycopg2.connect (host = 'postgres', user = 'postgres')
печать (соединение)
  

Сохраните файл и снова запустите сценарий.

  
 Выход 
 <объект подключения в 0x7f64caec69d8; dsn: 'user = postgres host = 7a230b56cd64', закрыто: 0>
  

  
 
 docker -D [команда] [аргументы]
 
 
  

  $ docker build -t demo.
Отправка контекста сборки демону Docker
# ...
#… Много вывода
# ...
Успешно построено 58e0d389dfc0
  

  $ docker build -t demo.
…
Произошла ошибка при установке прочного (0.24.0), и Bundler не может продолжить.
Перед объединением убедитесь, что gem install rugged -v '0.24.0' завершился успешно.
Команда '/ bin / sh -c bundle install' вернула ненулевой код: 5
  

  Шаг 8: КОПИРОВАТЬ Gemfile / usr / src / app /
 ---> 167f08d237df
Удаление промежуточного контейнера ...
Шаг 9: ЗАПУСТИТЕ установку пакета
  

  $ docker run --rm -it 167f08d237df / bin / bash
# gem install прочный
… Устранение неполадок и установка недостающих пакетов...
# выход
  

  ЗАПУСТИТЬ apt-get update && apt-get install -y 
                                  cmake mysql-client postgresql-client sqlite3 
                                  --no-install-рекомендует && rm -rf / var / lib / apt / lists / *
  

  фатальный: не удалось прочитать из удаленного репозитория.Убедитесь, что у вас есть правильные права доступа
и репозиторий существует.
Ошибка Git: ...
Команда '/ bin / sh -c bundle install' вернула ненулевой код: 11
  

  ...
# Следующие 3 строки должны быть кешированы до обновления Gemfile
КОПИРОВАТЬ ./Gemfile / my-app / Gemfile
РАБОЧИЙ КАТАЛОГ / мое приложение /
Выполнить установку пакета

КОПИРОВАТЬ ./ / my-app /
...
  

  $ docker run --rm -it myimagename / bin / bash
# ls.
….
# выход
  

  образы докеров -qf dangling = true | xargs docker rmi
  

  <настройки>
  
     securecentral 
  
  <профили>
    <профиль>
       securecentral 
      <репозитории>
        <репозиторий>
           центральный 
           https: // repo1.maven.org/maven2 
          <выпуски>
             true 
          
        
      
      
        
           центральный 
           https://repo1.maven.org/maven2 
          <выпуски>
             true 
          
        
      
    
  
  

  предварительная сборка:
  команды:
    - экспорт LC_ALL = "en_US.UTF-8"
    - locale-gen en_US en_US.UTF-8
    - dpkg-reconfigure locales  

  предварительная сборка:
  команды:
    - экспорт LC_ALL = "en_US.utf8 " 

Выпуск: Параметр фильтра ветвей недоступен в
консоль при создании или обновлении проекта AWS CodeBuild. refs / heads / branchName $ .refs / Heads / branchName $ . Дополнительные сведения см. В разделах События веб-перехватчика Bitbucket и
Фильтрация событий веб-перехватчика GitHub
(консоль).

Невозможно просмотреть успешную или неудачную сборку

Проблема: Вы не можете увидеть успех или неудачу
повторил сборку.

Возможная причина: Возможность сообщить о вашей сборке
статус не включен.

Рекомендуемые решения: Включить Построение отчета
статус при создании или обновлении проекта CodeBuild.Эта опция сообщает CodeBuild
чтобы сообщить о статусе при запуске сборки. Для получения дополнительной информации см. ReportBuildStatus в API AWS CodeBuild.
Ссылка .

Статус сборки не сообщается источнику
провайдер

Проблема: После разрешения отчетов о состоянии сборки на
исходного поставщика, такого как GitHub или Bitbucket, статус сборки не обновляется.

Возможная причина: Пользователь, связанный с источником
провайдер не имеет права записи в репо.

Рекомендуемые решения: Чтобы иметь возможность сообщать о состоянии сборки поставщику источника, пользователь связал
с поставщиком источника должны
иметь доступ на запись в репо.Если у пользователя нет доступа на запись, статус сборки
не может быть обновлен. Для получения дополнительной информации см.
Доступ к исходному провайдеру.

Не удается найти и выбрать базовый образ
платформа Windows Server Core 2019

Проблема: Не удается найти или выбрать базовый образ
платформа Windows Server Core 2019.

Возможная причина: Вы используете регион AWS, в котором
не поддерживаю это изображение.

Рекомендуемые решения: Используйте одно из следующих AWS
Регионы, в которых находится базовый образ платформы Windows Server Core 2019.
поддерживается:

• Восток США (Сев.Вирджиния)

• Восток США (Огайо)

• Запад США (Орегон)

• Европа (Ирландия)

Предыдущие команды в buildspec
файлы не распознаются более поздними командами

Проблема: Результаты одной или нескольких команд в вашем
Файл buildspec не распознается более поздними командами в том же файле buildspec.Для
Например, команда может установить локальную переменную среды, но команда запускается позже
мог бы
не удается получить значение этой локальной переменной среды.

Возможная причина: В файле спецификации сборки версии 0.1
AWS CodeBuild запускает каждую команду в отдельном экземпляре оболочки по умолчанию в
строить
среда.Это означает, что каждая команда выполняется изолированно от всех остальных команд.
К
default, то вы не можете запустить одну команду, которая зависит от состояния любого предыдущего
команды.

Рекомендуемые решения: Мы рекомендуем использовать
версия спецификации сборки 0.2, что решает эту проблему. Если вы должны использовать версию buildspec
0,1,
мы рекомендуем использовать оператор цепочки команд оболочки (например,
&& в Linux) для объединения нескольких команд в одну
команда. Или включите в исходный код сценарий оболочки, содержащий несколько команд,
а затем вызовите этот сценарий оболочки с помощью одной команды в файле buildspec.Для большего
информацию, см. Оболочки и команды в средах сборки.
и переменные среды в сборке
среды.

Ошибка: «Доступ запрещен», когда
попытка загрузить кеш

Проблема: При попытке загрузить кэш на
построить проект с включенным кешем, вы получите Доступ запрещен
ошибка.

Возможные причины:

• Вы только что настроили кэширование как часть проекта сборки.

• Кэш недавно был признан недействительным через
  InvalidateProjectCache API.

• Служебная роль, используемая CodeBuild, не имеет
  s3: GetObject и s3: Разрешения PutObject для
  Корзина S3, в которой хранится кеш.

Рекомендуемое решение: При первом использовании нормально
чтобы увидеть это сразу после обновления конфигурации кеша. Если ошибка не исчезнет,
тогда вы должны проверить, есть ли у вашей роли службы s3: GetObject и
s3: Разрешения PutObject для корзины S3, в которой находится кеш.Для получения дополнительной информации см. Указание
Разрешения S3 в Amazon S3 Developer
Направляющая .

Ошибка:
«BUILD_CONTAINER_UNABLE_TO_PULL_IMAGE» при использовании пользовательского образа сборки

Проблема: При попытке запустить сборку, использующую пользовательский
образ сборки, сборка завершается с ошибкой
BUILD_CONTAINER_UNABLE_TO_PULL_IMAGE .

Возможная причина: Общий вид образа сборки
несжатый размер больше, чем доступный тип вычислений среды сборки
дисковое пространство.Чтобы проверить размер образа сборки, используйте Docker для запуска докера
изображений
РЕПОЗИТОРИЙ : ТЕГ
команда. Список доступного дискового пространства по типу вычислений см. В разделе Типы вычислений среды сборки.

Рекомендуемое решение: Используйте больший
тип вычисления с более доступным дисковым пространством или уменьшите размер вашего
пользовательский образ сборки.

Возможная причина: AWS CodeBuild не имеет
разрешение на получение образа сборки из реестра Amazon Elastic Container Registry (Amazon
ECR).

Рекомендуемое решение: Обновите
разрешения в вашем репозитории в Amazon ECR, чтобы CodeBuild мог извлекать ваши пользовательские
встроить образ в среду сборки. Для получения дополнительной информации см. Образец Amazon ECR.

Возможная причина: Запрошенный вами образ Amazon ECR
недоступен в регионе AWS, в котором используется ваша учетная запись AWS.

Рекомендуемое решение: Используйте образ Amazon ECR
который находится в том же регионе AWS, что и ваш аккаунт AWS.

Возможная причина: Вы используете частный
реестр в VPC, не имеющем общедоступного доступа в Интернет. CodeBuild не может тянуть
изображение с частного IP-адреса в VPC.Дополнительные сведения см. В разделе Частный реестр с примером AWS Secrets Manager для CodeBuild.

Рекомендуемое решение: Если вы используете
частный реестр в VPC, убедитесь, что у VPC есть общедоступный доступ в Интернет.

Возможная причина: Если сообщение об ошибке содержит
« toomanyrequests », и
изображение получено из Docker Hub, эта ошибка означает ограничение на извлечение Docker Hub
Был достигнут.

Рекомендуемое решение: Использовать Docker Hub
в частном реестре или получите изображение в Amazon ECR. Для дополнительной информации
об использовании частного реестра см. в разделе Пример частного реестра с AWS Secrets Manager для CodeBuild.Для получения дополнительной информации о
используя Amazon ECR, см. образец Amazon ECR для CodeBuild.

Ошибка: «Сборочный контейнер был обнаружен мертвым раньше.
завершение сборки.сборочный контейнер умер из-за нехватки памяти, или
Образ Docker не поддерживается. Код ошибки: 500 »

Проблема: При попытке использовать Microsoft Windows или Linux
контейнера в AWS CodeBuild, эта ошибка возникает на этапе ОБЕСПЕЧЕНИЯ ОБЕСПЕЧЕНИЯ.

Возможные причины:

• Версия ОС контейнера не поддерживается CodeBuild.

• HTTP_PROXY , HTTPS_PROXY или оба указаны в
  контейнер.

Рекомендуемые решения:

• Для Microsoft Windows используйте контейнер Windows с контейнерной ОС, которая
  версия microsoft / windowsservercore: 10.0.x (например,
  microsoft / windowsservercore: 10.0.14393.2125).

• Для Linux очистите HTTP_PROXY и HTTPS_PROXY
  в образе Docker или укажите конфигурацию VPC в своей сборке.
  проект.

Ошибка: «Не удается подключиться к демону Docker» при запуске сборки

Проблема: Сборка завершается неудачно, и вы получаете сообщение об ошибке, подобное Не удается подключиться к демону Docker
в unix: / var / run / docker.носок. Демон докера запущен? в журнале сборки.

Возможная причина: Вы не запускаете свою сборку в привилегированном режиме.

Рекомендуемое решение: Выполните следующие действия, чтобы запустить
сборка в привилегированном режиме:

1. Откройте консоль CodeBuild по адресу
   https: // console.aws.amazon.com/codebuild/.

2. На панели навигации выберите Build projects , а затем выберите свой проект сборки.

3. Из Edit выберите Environment .

4. Выберите Переопределить изображения , а затем выберите Среда .

5. Укажите образ среды, операционную систему, среду выполнения и образ.Эти
   настройки должны соответствовать настройкам сборки, которая завершилась ошибкой.

6. Выберите Privileged .

   По умолчанию контейнеры Docker
   не разрешать доступ к каким-либо устройствам.Привилегированный режим предоставляет Docker проекта сборки
   доступ контейнера ко всем устройствам. Для получения дополнительной информации см.
   Привилегия времени выполнения и
   Возможности Linux на сайте Docker Docs.

7. Выберите Среда обновления .

8. Выберите Start build , чтобы повторить сборку.

Ошибка: «CodeBuild не авторизован.
выполнить: sts: AssumeRole «при создании или обновлении проекта сборки

Проблема: При попытке создать или обновить сборку
проекта, вы получаете ошибку Код: InvalidInputException,
Сообщение: CodeBuild не авторизован для выполнения: sts: AssumeRole on
arn: aws: iam :: идентификатор-учетной записи : роль / имя-роли-службы .

Возможные причины:

• Сервис AWS Security Token Service (AWS STS) отключен для региона AWS, где
  Ты
  пытается создать или обновить проект сборки.

• Сервисная роль AWS CodeBuild, связанная с проектом сборки, не существует или
  не имеет достаточных разрешений, чтобы доверять CodeBuild.

Рекомендуемые решения:

• Убедитесь, что AWS STS активирован для региона AWS, в котором вы пытаетесь
  создать или обновить проект сборки.Для получения дополнительной информации см. Активация и
  деактивация AWS STS в регионе AWS в
  Руководство пользователя IAM .

• Убедитесь, что целевая роль сервиса CodeBuild существует в вашей учетной записи AWS.если ты
  не пользуетесь консолью, убедитесь, что вы не ошиблись при написании ресурса Amazon
  Имя (ARN) роли службы при создании или обновлении сборки
  проект.

• Убедитесь, что целевая роль службы CodeBuild имеет достаточные разрешения, чтобы доверять
  CodeBuild.Для получения дополнительной информации см. Заявление о политике доверительных отношений в
  Создайте роль службы CodeBuild.

Ошибка: «Ошибка при вызове.
GetBucketAcl: либо владелец корзины изменился, либо роль службы больше не
разрешение на вызываемый s3: GetBucketAcl »

Проблема: При запуске сборки выдается сообщение об ошибке
о смене владельца ведра S3 и GetBucketAcl
разрешения.

Возможная причина: Вы добавили
s3: GetBucketAcl и s3: GetBucketLocation разрешения для
ваша роль в IAM. Эти разрешения защищают корзину S3 вашего проекта и гарантируют, что только
вы можете получить к нему доступ. После того, как вы добавили эти разрешения, владелец корзины S3
измененный.

Рекомендуемое решение: Подтвердите, что вы являетесь владельцем
S3 bucket, а затем снова добавьте разрешения для своей роли IAM. Для дополнительной информации,
см. Безопасный доступ к корзинам S3.

Ошибка: «Не удалось
загружать артефакты: Invalid arn «при запуске сборки

Проблема: При запуске сборки
UPLOAD_ARTIFACTS Этап сборки завершился с ошибкой Failed to
артефакты загрузки: недопустимый arn .

Возможная причина: Выходной сегмент S3 (сегмент
где AWS CodeBuild сохраняет результаты сборки) находится в регионе AWS, отличном от
из
проект сборки CodeBuild.

Рекомендуемое решение: Обновите проект сборки
настройки, чтобы указать на выходной сегмент, который находится в том же регионе AWS, что и сборка
проект.

Ошибка: «Ошибка клонирования Git:
Невозможно получить доступ к

'your-repository-URL' : SSL-сертификат
проблема: самоподписанный сертификат »

Проблема: При попытке запустить проект сборки сборка
не работает с этой ошибкой.

Возможная причина: В исходном репозитории есть
самозаверяющий сертификат, но вы не выбрали установку сертификата со своего
S3
bucket как часть вашего проекта сборки.

Рекомендуемые решения:

• Отредактируйте свой проект.Для сертификата выберите
  Установить сертификат от S3 . Для ведра
  сертификат , выберите сегмент S3, в котором находится ваш сертификат SSL.
  хранится. Для Ключ объекта сертификата введите имя
  ключ вашего объекта S3.

• Отредактируйте свой проект.Выберите Небезопасный SSL , чтобы игнорировать SSL
  предупреждения при подключении к репозиторию проектов GitHub Enterprise Server.

  Мы рекомендуем использовать Небезопасный SSL для тестирования.
  Только.Его не следует использовать в производственной среде.

Ошибка: «Ведро вы
пытаются получить доступ, должны быть адресованы с помощью указанной конечной точки «, когда
запуск сборки

Проблема: При запуске сборки
DOWNLOAD_SOURCE этап сборки завершается с ошибкой Ведро, которое вы
пытаются получить доступ, должны быть адресованы с использованием указанной конечной точки.Пожалуйста, отправьте
все будущие запросы к этой конечной точке .

Возможная причина: Ваш предварительно созданный исходный код сохранен
в сегменте S3, и этот сегмент находится в регионе AWS, отличном от AWS CodeBuild
построить проект.

Рекомендуемое решение: Обновите проект сборки
settings, чтобы указать на корзину, содержащую ваш предварительно созданный исходный код.Убедись
что
bucket находится в том же регионе AWS, что и проект сборки.

Ошибка: «Версия политики по умолчанию
не был создан путем создания расширенной роли с нулевым кликом или не был последним
версия, созданная путем создания улучшенной роли с нулевым щелчком.»

Проблема: При попытке обновить проект в
консоли, обновление завершилось ошибкой:

Возможные причины:

Рекомендуемые решения:

• Отредактируйте проект CodeBuild и снимите флажок Разрешить CodeBuild изменять это
  роль службы, чтобы ее можно было использовать с этим флажком проекта сборки .Убедитесь, что используемая вами роль службы CodeBuild имеет достаточные разрешения. если ты
  отредактируйте проект CodeBuild еще раз, вы должны снова снять этот флажок. Для большего
  информацию см. в разделе Создание роли службы CodeBuild.

• Выполните следующие действия, чтобы отредактировать проект CodeBuild для использования новой службы.
  роль:

Ошибка: «Этот образ сборки
требует выбора хотя бы одной версии среды выполнения.»

Проблема: При запуске сборки
DOWNLOAD_SOURCE Этап сборки завершается с ошибкой YAML_FILE_ERROR:
Для этого образа сборки требуется выбрать хотя бы одну версию среды выполнения .

Возможная причина: В вашей сборке используется версия 1.0 или более поздней версии Amazon Linux 2 (AL2)
стандартный образ или версия 2.0 или более поздняя версия стандартного образа Ubuntu и среда выполнения
не указан в спецификации сборки
файл.

Рекомендуемое решение: Если вы используете
aws / кодовая сборка / стандарт: 2.0 Управляемый образ CodeBuild, необходимо указать
версия среды выполнения в разделе runtime-versions файла buildspec. Для
Например, вы можете использовать следующий файл buildspec для проекта, использующего PHP:

  версия: 0.2

фазы:
  установить:
    runtime-версии:
        php: 7.3
  строить:
    команды:
      - php --version
артефакты:
  файлы:
    -  ПРОЧТИ МЕНЯ.мкр  

Если вы укажете раздел runtime-versions и используете образ, отличный от Ubuntu Standard Image 2.0 или более поздней версии,
или стандартный образ Amazon Linux 2 (AL2) 1.0 или более поздней версии, сборка выдает предупреждение,
« Пропуск установки среды выполнения.Выбор версии среды выполнения не поддерживается этой сборкой
изображение . »

Для получения дополнительной информации см. Укажите версии среды выполнения в файле buildspec.

Ошибка: «В очереди: INSUFFICIENT_SUBNET»
когда сборка в очереди сборки терпит неудачу

Проблема: Сбой сборки в очереди сборки с ошибкой
аналогично QUEUED: INSUFFICIENT_SUBNET .

Возможные причины: Блок IPv4 CIDR, указанный для
ваш VPC использует зарезервированный IP-адрес. Первые четыре IP-адреса и последний IP-адрес
в каждой подсети блоки CIDR недоступны для использования и не могут быть назначены
для
пример.Например, в подсети с блоком CIDR 10.0.0.0/24
следующие пять IP-адресов зарезервированы:

• 10.0.0.0: Сетевой адрес.

• 10.0.0.1 : зарезервировано AWS для маршрутизатора VPC.

• 10.0.0.2 : Зарезервировано AWS. IP-адрес DNS-сервера
  всегда основание диапазона сети VPC плюс два; однако мы также оставляем за собой
  база каждого диапазона подсети плюс два. Для VPC с несколькими блоками CIDR IP
  адрес DNS-сервера находится в первичном CIDR. Для дополнительной информации,
  см. Amazon DNS
  в Руководстве пользователя Amazon VPC .

• 10.0.0.3 : Зарезервировано AWS для использования в будущем.

• 10.0.0.255 : Сетевой широковещательный адрес. Мы не поддерживаем трансляцию
  в VPC. Этот адрес зарезервирован.

Рекомендуемые решения: Проверьте, использует ли ваш VPC
зарезервированный IP-адрес.Замените любой зарезервированный IP-адрес незарезервированным.
Для
дополнительную информацию см. в разделе VPC и определение размера подсети.
в Руководстве пользователя Amazon VPC .

Ошибка: «Невозможно загрузить кеш:
RequestError: Ошибка отправки запроса по причине: x509: Не удалось загрузить корни системы и
без корней »

Проблема: При попытке запустить проект сборки сборка
не работает с этой ошибкой.

Возможная причина: Вы настроили кеширование как часть своего
проект сборки и используется более старый образ Docker, который включает просроченный корень
сертификат.

Рекомендуемое решение: Обновите образ Docker,
используется в вашем проекте AWS CodeBuild.Для получения дополнительной информации см. Образы Docker, предоставленные CodeBuild.

Ошибка: «Невозможно загрузить.
сертификат от S3. В доступе отказано»

Проблема: При попытке запустить проект сборки сборка
не работает с этой ошибкой.

Возможные причины:

Рекомендуемые решения:

• Отредактируйте свой проект.Для Ведро сертификата выберите
  Корзина S3, в которой хранится ваш SSL-сертификат.

• Отредактируйте свой проект. Для Ключ объекта сертификата введите
  имя ключа вашего объекта S3.

Ошибка: «Не удалось найти учетные данные»

Проблема: При попытке запустить AWS CLI используйте AWS.
SDK или вызовите другой аналогичный компонент как часть сборки, вы получите ошибки сборки, которые
находятся
напрямую связаны с интерфейсом командной строки AWS, SDK AWS или компонентом.Например, вы можете получить
а
ошибка сборки, например Невозможно найти учетные данные .

Возможные причины:

• Версия AWS CLI, AWS SDK или компонента в среде сборки:
  несовместимо с AWS CodeBuild.

• Вы запускаете контейнер Docker в среде сборки, которая использует
  Docker, а контейнер не имеет доступа к учетным данным AWS по
  дефолт.

Рекомендуемые решения:

• Убедитесь, что в вашей среде сборки установлена ​​следующая или более поздняя версия
  AWS CLI, AWS SDK или компонент.

  • Интерфейс командной строки AWS: 1.10,47

  • AWS SDK для C ++: 0.2.19

  • AWS SDK для Go: 1.2,5

  • AWS SDK для Java: 1.11.16

  • AWS SDK для JavaScript: 2.4,7

  • AWS SDK для PHP: 3.18.28

  • AWS SDK для Python (Boto3): 1.4,0

  • AWS SDK для Ruby: 2.3.22

  • Ботокор: 1.4,37

  • CoreCLR: 3.2.6-бета

  • Узел.js: 2.4.7

• Если вам нужно запустить контейнер Docker в среде сборки и контейнер
  требует учетных данных AWS, вы должны передать учетные данные из сборки
  окружающая среда к контейнеру.В свой файл buildspec включите Docker
  запустите команду , например следующую. В этом примере используется
  aws s3 ls , чтобы вывести список доступных сегментов S3. В
  -e параметр передает переменные среды, необходимые для
  ваш контейнер для доступа к учетным данным AWS.

    docker run -e AWS_DEFAULT_REGION -e AWS_CONTAINER_CREDENTIALS_RELATIVE_URI  your-image-tag  aws s3 ls  

• Если вы создаете образ Docker и для сборки требуются учетные данные AWS
  (например, чтобы скачать файл с Amazon S3), вы должны пройти через
  учетные данные из среды сборки в процесс сборки Docker как
  следует.

  1. В файле Dockerfile исходного кода для образа Docker укажите
     следуя инструкциям ARG .

       ARG AWS_DEFAULT_REGION
     ARG AWS_CONTAINER_CREDENTIALS_RELATIVE_URI  

  2. Включите в свой файл спецификации сборки команду Docker build
     такие как следующие.Параметры --build-arg устанавливают
     переменные среды, необходимые для доступа к процессу сборки Docker
     учетные данные AWS.

       docker build --build-arg AWS_DEFAULT_REGION = $ AWS_DEFAULT_REGION --build-arg AWS_CONTAINER_CREDENTIALS_RELATIVE_URI = $ AWS_CONTAINER_CREDENTIALS_RELATIVE_URI -t  your-image-tag  your-image-tag  your-image. 

Ошибка тайм-аута RequestError при работе
CodeBuild на прокси-сервере

Проблема: Вы получаете ошибку RequestError , аналогичную той
из следующих:

• RequestError: отправить запрос не удалось по причине: Post
https: // журналы.<ваш-регион> .amazonaws.com /: dial tcp 52.46.158.105:443: i / o
тайм-аут из журналов CloudWatch.

• Ошибка загрузки артефактов: RequestError: сбой отправки запроса, вызванный:
Поместите https: // your-bucket .s3. your-aws-region .amazonaws.com / *: наберите tcp 52.219.96.208:443:
подключиться: отказано в подключении от Amazon S3.

Возможные причины:

• ssl-bump настроен неправильно.

• Политика безопасности вашей организации не позволяет использовать
  ssl_bump .

• В вашем файле buildspec не указаны настройки прокси-сервера с помощью
  прокси элемент.

Рекомендуемые решения:

• Убедитесь, что ssl-bump настроен правильно.Если вы используете Squid для
  ваш прокси-сервер, см. Настройка Squid как
  явный прокси-сервер.

• Чтобы использовать частные конечные точки для Amazon S3 и CloudWatch Logs, выполните следующие действия:

  1. В таблице маршрутизации частной подсети удалите правило, которое вы добавили,
     направляет трафик, предназначенный для Интернета, на ваш прокси-сервер.Для
     информацию см. в разделе Создание
     подсеть в вашем VPC в Amazon VPC User
     Направляющая .

  2. Создайте частную конечную точку Amazon S3 и конечную точку CloudWatch Logs и свяжите их
     с частной подсетью вашего Amazon VPC.Дополнительные сведения см. В разделе «Службы конечных точек VPC» в Руководстве пользователя Amazon VPC .

  3. Подтвердите Включить частное DNS-имя в
     выбран ваш Amazon VPC.Дополнительную информацию см. В разделе «Создание конечной точки интерфейса» в Руководстве пользователя Amazon VPC .

• Если вы не используете ssl-bump для явного прокси-сервера, добавьте конфигурацию прокси в свой файл buildspec, используя
  прокси-элемент .Дополнительные сведения см. В разделе Запуск CodeBuild в явном прокси-сервере.
  server и синтаксис Buildspec.

    версия: 0.2
  прокси:
    загрузка артефактов: да
    журналы: да
  фазы:
    строить:
      команды:  

Оболочка Борна (sh) должна существовать в
создавать образы

Проблема: Вы используете образ сборки,
предоставляется AWS CodeBuild, и ваши сборки завершаются ошибкой с сообщением Build container found
мертв до завершения сборки .

Возможная причина: Оболочка Борна ( sh )
не включен в ваш образ сборки. CodeBuild требуется sh для запуска команд сборки и
скрипты.

Рекомендуемое решение: Если ш в не
присутствует в вашем образе сборки, обязательно включите его, прежде чем начинать какие-либо другие сборки
что
используйте свое изображение.(CodeBuild уже включает sh в свои образы сборки.)

Предупреждение: «Пропуск
установка сред выполнения. выбор версии среды выполнения не поддерживается этим образом сборки »
при запуске сборки

Проблема: При запуске сборки журнал сборки содержит
это предупреждение.

Возможная причина: Ваша сборка не использует версию 1.0 или новее
стандартного образа Amazon Linux 2 (AL2) или версии 2.0
или более поздней версии стандартного образа Ubuntu, а время выполнения указано в
runtime-versions в вашем файле buildspec.

Рекомендуемое решение: Убедитесь, что ваш файл спецификации сборки
не содержит раздела runtime-versions .В
runtime-versions Раздел требуется только в том случае, если вы используете стандартный образ Amazon Linux 2 (AL2) или более поздней версии.
или Ubuntu
стандартный образ версии 2.0 или новее.

Ошибка: «Невозможно проверить.
Идентификатор JobWorker «при открытии консоли CodeBuild.

Проблема: При открытии консоли CodeBuild появляется сообщение «Невозможно
Подтвердите личность JobWorker «отображается сообщение об ошибке.

Возможная причина: Роль IAM, используемая для
Доступ к консоли имеет тег с ключом jobId . Этот ключ тега зарезервирован
для CodeBuild и вызовет эту ошибку, если она присутствует.

Рекомендуемое решение: Изменить любую настраиваемую роль IAM
теги, которые имеют ключ jobId , чтобы иметь другой ключ, например
jobIdentifier .

Не удалось запустить сборку

Проблема: При запуске сборки вы получаете
Не удалось запустить сборку сообщение об ошибке.

Возможная причина: Количество параллельных сборок
был достигнут.

Рекомендуемые решения: Подождите, пока не появятся другие сборки
завершить или увеличить ограничение параллельной сборки для проекта и начать сборку
опять таки. Для получения дополнительной информации см. Конфигурация проекта.

Проблема: В некоторых случаях расширение.каталог git в кешированном
build — это текстовый файл, а не каталог.

Возможные причины: Когда включено кэширование локального источника
для сборки CodeBuild создает ссылку gitlink для каталога .git . Этот
означает, что каталог .git на самом деле является текстовым файлом, содержащим
путь к каталогу.

Рекомендуемые решения: Во всех случаях используйте
следующую команду, чтобы получить каталог метаданных Git. Эта команда не будет работать
иметь значение
формат .git :

  git rev-parse --git-dir  

AccessDenied: владелец сегмента для
группа отчетов не соответствует владельцу корзины S3…

Проблема: При загрузке тестовых данных в корзину Amazon S3
CodeBuild не может записать тестовые данные в корзину.

Возможные причины:

• Учетная запись, указанная для владельца сегмента группы отчетов, не соответствует
  владелец ведра Amazon S3.

• У служебной роли нет доступа на запись в бакет.

Рекомендуемые решения:

Устранение неисправностей | Документация реестра контейнеров | Google Cloud

В этом разделе объясняется, как устранить общие проблемы с реестром контейнеров и Docker.
вопросы.

Доменные проекты

Если вы получаете сообщение об ошибке недопустимый формат ссылки , одна из проблем может заключаться в том, что
у вас есть проект, ориентированный на предметную область.

Если ваш проект привязан к вашему домену, то идентификатор проекта включает
домен и двоеточие, например: example.com:my-project . Видеть
Доменные проекты
о том, как работать с идентификаторами проектов, которые включают домен.

Примечание. Проекты с доменом — это устаревшая функция. Вы больше не можете создавать
доменные проекты.

Ошибка: статус 405:

v1 Registry API отключен.

Если вы постоянно сталкиваетесь с ошибкой типа «v1 Registry API отключен»
при извлечении или отправке изображений убедитесь, что ваше имя хоста, идентификатор проекта, изображение
имя, тег или дайджест написаны правильно.

Чтобы увидеть теги и дайджест изображения, выполните следующую команду:

  теги списков изображений контейнеров gcloud [HOSTNAME] / [PROJECT-ID] / [IMAGE]
  

Например:

  изображений контейнеров gcloud list-tags gcr.io / мой проект / мое изображение
  

Для получения дополнительной информации о перечислении тегов изображений и дайджестов см.
Управление изображениями.

Проблемы с разрешениями

В следующих разделах описаны решения для конкретных проблем с разрешениями.
Всегда убедитесь, что у вас есть необходимые разрешения для отправки или извлечения.
См. Разрешения и роли.

Проблемы с разрешениями, связанные с унифицированным доступом на уровне корзины

Если вы включили единый доступ на уровне корзины
в ведре хранилища, которое используется Реестром контейнеров, тогда вы можете
есть проблемы с доступом при отправке и извлечении из реестра контейнеров.

Чтобы устранить проблемы с доступом, убедитесь, что у вас есть необходимые разрешения для отправки
или тянуть. Эти разрешения перечислены в
Разрешения и роли.

Проблемы с разрешениями, связанные с установкой Docker на локальном компьютере

Если вы столкнулись с ошибкой в разрешении отказано , например, в следующем примере:

  FATA [0000] Опубликовать http: //var/run/docker.sock/v1.17/images/gcr.io/container-engine-docs/example/push? Tag =: набрать unix / var / run / docker .sock: в разрешении отказано
ОШИБКА: (gcloud.docker) Команда Docker не выполнена.
Пытался запустить: 'docker push gcr.io/container-engine-docs/example'
Код выхода: 1
  

Возможно, вам потребуется добавить себя в группу пользователей docker .

Выполните следующую команду в своей оболочке или в окне терминала:

  sudo usermod -a -G docker $ {ПОЛЬЗОВАТЕЛЬ}
  

Внимание: Группа докеров эквивалентна корневому пользователю . Видеть
Документация Docker
для получения подробной информации о том, как это влияет на безопасность вашей системы.

Перезагрузите систему после добавления себя в группу пользователей docker .

Проблемы с разрешениями при взаимодействии с Реестром контейнеров

Если вы столкнулись с ошибкой разрешения, например:

  Permission denied: Невозможно создать репозиторий, убедитесь, что у вас есть доступ для этого
  

1. Убедитесь, что биллинг включен
   для вашего проекта.

2. Подтвердите свой доступ:

   1. Убедитесь, что вы прошли аутентификацию для gcloud , запустив следующую команду
      команда:

        gcloud init
        

   2. Убедитесь, что Docker настроен на использование gcloud в качестве
      Помощник по учетным данным реестра контейнеров, выполнив следующую команду:

        gcloud auth configure-docker
        

   3. Убедитесь, что docker-credential-gcloud может быть выполнен:

        список docker-credential-gcloud
        

      Вы должны увидеть объект JSON с целевым реестром в качестве одного из его ключей.Для
      пример:

        {
        "https://asia.gcr.io": "oauth3accesstoken",
        "https://eu.gcr.io": "oauth3accesstoken",
        "https://gcr.io": "oauth3accesstoken",
        "https://staging-k8s.gcr.io": "oauth3accesstoken",
        "https://us.gcr.io": "oauth3accesstoken"
      }
        

   4. Затем убедитесь, что у вас есть разрешение на запись в облачное хранилище в
      проект, к которому вы стремитесь. Если нет, попросите администратора предоставить доступ вашему пользователю.
      и попробуй еще раз.

   5. Если проблема не исчезнет после получения правильного разрешения, возможно,
      ваш токен доступа получен без одной из этих областей:

      • https: // www.googleapis.com/auth/devstorage.read_write
      • https://www.googleapis.com/auth/devstorage.full_control

      Чтобы проверить это, сначала получите токен доступа самостоятельно. Это варьируется от
      от приложения к приложению, например, если вы используете токен доступа из
      учетную запись службы Compute Engine по умолчанию, вы можете следовать инструкциям
      здесь
      чтобы получить это.

      После того, как вы сами получили токен доступа, вы можете использовать эту команду для просмотра
      области, использованные при получении токена доступа:

        curl -H "Авторизация: предъявитель <ваш токен доступа>" https: // www.googleapis.com/oauth3/v1/tokeninfo
        

      В случае, если указанные области не включены, устраните проблему, чтобы убедиться, что
      включите их при получении токена доступа в свой код. Например, для
      токены, созданные специально для учетной записи службы по умолчанию на вашем
      Виртуальная машина Compute Engine, вам нужно будет исправить настройку области для этого
      виртуальную машину и воссоздайте ее.

Проблемы с разрешениями при отправке и извлечении изображений

Экземпляр ВМ, который отправляет или извлекает образы, должен быть правильно настроен с помощью
необходимые разрешения IAM и области доступа для доступа к Реестру контейнеров
ведро для хранения.Для получения информации о необходимых настройках см. Использование реестра контейнеров с Google Cloud.

Ошибка ImagePullBackoff из Google Kubernetes Engine

GKE возвращает ошибку ImagePullBackoff , когда не может извлечь
образ из реестра. Ошибка может возникнуть из-за того, что изображение не может быть
найдено или потому что у ваших узлов нет разрешений
вытащить из реестра. По умолчанию узлы GKE имеют разрешения
извлекать образы из реестра контейнеров, когда реестр находится в том же
Проект Google Cloud в качестве ваших узлов.

Документация GKE включает шаги по идентификации
первопричину и устраните проблему.

Лимиты квот

Если вы превысите лимит квоты реестра контейнеров, вы можете увидеть ошибку
сообщения вроде этого:

  Ошибка: статус 429 пытается получить репозиторий [...] «Превышена квота».
  

Чтобы избежать превышения лимита фиксированной квоты, вы можете:

• Увеличьте количество IP-адресов, взаимодействующих с реестром контейнеров.
  Квоты указаны на IP-адрес.
• Добавить попытки, вызывающие задержку. Например, вы можете использовать
  экспоненциальный откат.

Неверная конечная точка реестра с boot2docker

Если у вас возникли проблемы с доступом к реестру контейнеров из boot2docker
окружающая среда:

  docker push gcr.io/example/sample

Ответ с ошибкой от демона: неверная конечная точка реестра https://gcr.io/v0/:
  невозможно проверить связь с конечной точкой реестра https://gcr.io/v0/
v2 попытка ping не удалась с ошибкой: Get https: // gcr.io / v2 /:
  x509: срок действия сертификата истек или он еще не действителен
Попытка пинга v1 завершилась ошибкой: получите https://gcr.io/v1/_ping:
  x509: срок действия сертификата истек или он еще не действителен.
Если этот частный реестр поддерживает только HTTP или HTTPS с неизвестным ЦС
сертификат, пожалуйста, добавьте `--insecure-registry gcr.io` к демону
аргументы. В случае HTTPS, если у вас есть доступ к ЦС реестра
сертификат, флаг не нужен; просто поместите сертификат CA в
/etc/docker/certs.d/gcr.io/ca.crt
  

Вам может потребоваться перезапустить boot2docker:

  boot2docker стоп
запуск boot2docker
  

Докер на Mac

Если у вас возникнут проблемы с Docker на Mac, возможно, вам придется попробовать обходной путь.К ошибкам могут относиться неотвечающие операции Docker push / pull или сетевая ошибка, подобная следующей:

  Опубликовать https://us.gcr.io/v2/[repo name] / blobs / uploads /: набрать tcp xx.xxx.xx.xx: xxx: тайм-аут ввода-вывода
  

Если вы столкнулись с этими ошибками, попробуйте выполнить следующие действия:

• Запустите команду docker-machine restart default в терминале Mac, чтобы перезапустить
  Демон докера.

• Убедитесь, что параметр «Безопасно хранить учетные записи докеров в связке ключей macOS» не включен.
  в меню настроек Docker.

• Убедитесь, что у вас установлена ​​самая последняя версия Docker.

Ошибка при построении изображения сингулярности fMRIprep 20.2.1 — fmriprep

Построение изображения сингулярности fMRIprep 20.2.1 не удалось на HPC.

После запуска следующей строки:

Сборка сингулярности

/my_images/fmriprep-20.2.1.simg docker: // nipreps / fmriprep: 20.2.1

Я получил следующую ошибку:

FATAL: при выполнении сборки: при создании SIF: при создании контейнера: создание файла контейнера завершилось неудачно: open / my_images / fmriprep-20.2.1.simg: нет такого файла или каталога

Я проверил, что версия Singularity, установленная на HPC, выше 2.5, так что проблема не в этом.

Что я могу сделать, чтобы решить эту проблему?

Спасибо за вашу помощь.

PS Вот полный лог:

$ singularity build /my_images/fmriprep-20.2.1.simg docker: // nipreps / fmriprep: 20.2.1
ИНФОРМАЦИЯ: Запуск сборки…
Получение подписей источника изображения
Копирование blob 0a01a72a686c выполнено
Копирование blob cc899a55c4da выполнено
сделано
Копирование блоб 716d454e56b6 сделано
Копирование блоб b5bf898e214a сделано
Копирование блоб 42da0942cc0e сделано
Копирование блоб 14f5757104e9 сделано
Копирование блоб 611fe4f705a5 сделано
Копирование блоб ac0b78389510 сделано
Копирование блоб 9e499ad45d56 сделано
Копирование блоб d9fe4a797d63 сделано
Копирование блоб 0096e55d11c8 сделано
Копирование блоб 8edcf0ca7093 сделано
Копирование блоб 4d1c726a5a26 сделано
Копирование блоб 6a13c4f0f499 сделано
Копирование блоб 4041fab309df сделано
Копирование блоб 76cb4738a4de сделано
Копирование блоб 9f64cb20b123 сделано
Копирование блоб 59feaf5d0228 сделано
Копирование блоб bf2e5cea3f0a сделано
Копирование блоб 0ecfa573ec6f сделано
Копирование блоб dca99f6f89e1 сделано
Копирование блоб 4ccd3fd 697fd done
Копирование blob ad3cb2354786 done
Копирование blob c037d6ea6ece выполнено
Копирование blob 470e0d163955 выполнено
Копирование blob bff4925a9775 выполнено
Копирование config b8f6bbbbda выполнено
Запись манифеста в папку назначения подписи образа : sha256: 0a01a72a686c389637334de1e2d0012da298960366f6d8f358b8e10dc3b5e330
2021/04/27 15:33:51 предупредить {dev / agpgart} без root-доступа, создав пустой файл вместо устройства 10: 175
2021 dev / agpgart создание пустого файла вместо устройства 14: 4
2021/04/27 15:33:51 warnless {dev / audio1} создание пустого файла вместо устройства 14:20
2021/04/27 15:33:51 warn без rootless {dev / audio2} создание пустого файла вместо устройства 14:36 ​​
2021/04/27 15:33:51 предупредить rootless {dev / audio3} создание пустого файла вместо устройства 14:52
2021/04/27 15:33:51 предупредить {dev / audioctl} без root-доступа о создании пустого файла вместо устройства 14: 7
27.04.2021 15:33:51 w arn rootless {dev / console} создание пустого файла вместо устройства 5: 1
2021/04/27 15:33:51 warnless {dev / dsp} создание пустого файла вместо устройства 14: 3
2021/04 / 27 15:33:51 предупредить {dev / dsp1} без root-доступа, создав пустой файл вместо устройства 14:19
2021/04/27 15:33:51 предупредить {dev / dsp2} без root-доступа о создании пустого файла вместо устройства 14: 35
27.04.2021 15:33:51 предупредить {dev / dsp3}, не имеющий root’а, создать пустой файл вместо устройства 14:51
27.04.2021 15:33:51 предупредить {dev / full} без рутника о создании пустого файла вместо устройства 1: 7
2021/04/27 15:33:51 предупредить rootless {dev / kmem} создать пустой файл вместо устройства 1: 2
2021/04/27 15:33:51 предупредить rootless {dev / loop0} создание пустого файла вместо устройства 7: 0
2021/04/27 15:33:51 warnless {dev / loop1} создание пустого файла вместо устройства 7: 1
27.04.2021 15:33 : 51 предупредить некорневое {dev / loop2} создание пустого файла вместо устройства 7: 2
2021/04/27 15:33:51 предупредить некорневое {dev / loop3} создание пустого файла в p шнурок устройства 7: 3
2021/04/27 15:33:51 предупредить rootless {dev / loop4} создать пустой файл вместо устройства 7: 4
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / loop5} создание пустого файла вместо устройства 7: 5
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / loop6} создание пустого файла вместо устройства 7: 6
27.04.2021 15:33: 52 предупредить некорневое {dev / loop7} создание пустого файла вместо устройства 7: 7
2021/04/27 15:33:52 предупредить некорневое {dev / mem} создание пустого файла вместо устройства 1: 1
2021/04 / 27 15:33:52 предупредить некорневое {dev / midi0} создание пустого файла вместо устройства 35: 0
2021/04/27 15:33:52 предупредить некорневое {dev / midi00} создание пустого файла вместо устройства 14 : 2
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / midi01} создание пустого файла вместо устройства 14:18
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / midi02} создание пустого файл вместо устройства 14:34
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / midi03} создание пустого файла вместо устройства 14:50
2021/04/27 15: 3 3:52 warnless rootless {dev / midi1} создание пустого файла вместо устройства 35: 1
2021/04/27 15:33:52 warnless rootless {dev / midi2} создание пустого файла вместо устройства 35: 2
2021 / 04/27 15:33:52 предупредить {dev / midi3} без root’а о создании пустого файла вместо устройства 35: 3
27.04.2021 15:33:52 предупредить {dev / микшер} без рут о создании пустого файла вместо устройство 14: 0
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / mixer1} создать пустой файл вместо устройства 14:16
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / mixer2} создание пустого файла вместо устройства 14:32
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / mixer3} создание пустого файла вместо устройства 14:48
27.04.2021 15:33:52 warn {dev / mpu401data} без root-доступа, создание пустого файла вместо устройства 31: 0
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / mpu401stat} без root-доступа, создание пустого файла вместо устройства 31: 1
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / null} создать пустой файл вместо устройства 1: 3
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / po rt} создание пустого файла вместо устройства 1: 4
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / ram0} создание пустого файла вместо устройства 1: 0
27.04.2021 15:33: 52 предупредить rootless {dev / ram1} создание пустого файла вместо устройства 1: 1
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / ram10} создание пустого файла вместо устройства 1:10
2021/04 / 27 15:33:52 предупредить {dev / ram11}, не имеющего рут, создание пустого файла вместо устройства 1:11
27.04.2021 15:33:52 предупредить {dev / ram12} без рут о создании пустого файла вместо устройства 1 : 12
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / ram13} создать пустой файл вместо устройства 1:13
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / ram14} создать пустой файл на месте устройства 1:14
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / ram15} создание пустого файла вместо устройства 1:15
2021/04/27 15:33:52 warnless { dev / ram16} создание пустого файла вместо устройства 1:16
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / ram2} создание пустого файла вместо устройства 1: 2
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / ram3} без root-доступа, создав пустой файл вместо устройства 1: 3
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / ram4} без root-доступа о создании пустого файла в место устройства 1: 4
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / ram5} создать пустой файл вместо устройства 1: 5
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / ram6} создание пустого файла вместо устройства 1: 6
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / ram7} создание пустого файла вместо устройства 1: 7
27.04.2021 15:33: 52 предупредить {dev / ram8} без root-доступа, создание пустого файла вместо устройства 1: 8
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / ram9} без root-доступа, создание пустого файла вместо устройства 1: 9
2021/04 / 27 15:33:52 warnless {dev / random} создание пустого файла вместо устройства 1: 8
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / rmidi0} создание пустого файла вместо устройства 35 : 64
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / rmidi1} создание пустого файла вместо устройства 35:65
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / rmid i2} создание пустого файла вместо устройства 35:66
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / rmidi3} создание пустого файла вместо устройства 35:67
27.04.2021 15:33: 52 предупредить {dev / smpte0} без root-доступа, создать пустой файл вместо устройства 14: 1
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / smpte0} без root-доступа о создании пустого файла вместо устройства 35: 128
2021/04 / 27 15:33:52 предупредить некорневое {dev / smpte1} создание пустого файла вместо устройства 35: 129
2021/04/27 15:33:52 предупредить некорневое {dev / smpte2} создание пустого файла вместо устройства 35 : 130
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / smpte3} без root-доступа, создать пустой файл вместо устройства 35: 131
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / sndstat} без рутника о создании пустого файл вместо устройства 14: 6
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / tty} создание пустого файла вместо устройства 5: 0
2021/04/27 15:33:52 warnless { dev / tty0} создание пустого файла вместо устройства 4: 0
2021/04/27 15:33:52 предупреждение rootless {dev / tty1} создание пустого файла i n место устройства 4: 1
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / tty2} создать пустой файл вместо устройства 4: 2
2021/04/27 15:33:52 предупредить rootless {dev / tty3} создание пустого файла вместо устройства 4: 3
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / tty4} создание пустого файла вместо устройства 4: 4
27.04.2021 15:33 : 52 предупредить {dev / tty5} без root-доступа, создать пустой файл вместо устройства 4: 5
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / tty6} без root-доступа о создании пустого файла вместо устройства 4: 6
2021 / 27.04.15, 33:52 предупредить {dev / tty7} без root, создать пустой файл вместо устройства 4: 7
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / tty8} без рут о создании пустого файла вместо устройства 4: 8
2021/04/27 15:33:52 предупредить {dev / tty9} без root’ов о создании пустого файла вместо устройства 4: 9
2021/04/27 15:33:52 предупредить о создании без root’а {dev / urandom} пустой файл вместо устройства 1: 9
2021/04/27 15:33:52 warnless {dev / zero} создание пустого файла вместо устройства 1: 5
27.04.2021 15:34:02 info unp извед слой: sha256: cc899a5544da1a6cfb970d2484d32c063f8df26a430d92f39c98e72261e226f2
2021/04/27 15:34:02 Информация распаковывать слой: sha256: 19197c55075519928dd2ff059745665a2c9b72f4e8af6f7a1ce662e696d339bd
2021/04/27 15:34:02 Информация распаковывать слой: sha256: 716d454e56b61d1343a01f3b1829574333e2e3df20e77d1958d7b0b939ea1b61
2021/04/27 15: 34:02 Информация о распаковывать слой: sha256: b5bf898e214a893171c1e1ab287fc7f1d3573e414869f21f06e3468fea43add3
2021/04/27 15:34:02 Информация распаковывать слой: sha256: 42da0942cc0e3de8b86ba649f506f3a0c87533451756c51d7b8bf181ba94a2eb
2021/04/27 15:34:37 ​​Информация распаковывать слой: sha256: 14f5757104e98f3e93ab8930b4afd4eb21146c829f97cb5f942f31f67419dfc1
2021/04 / 27 15:34:39 Информация распаковывать слой: sha256: 611fe4f705a58c51fd740b7

f3f56b72f3a4c5bed2f8bd6b5c28a19
2021/04/27 15:38:05 Информация распаковывать слой: sha256: ac0b78389510ddc5f05baf66cce3660bd59dcc6c40f868b039805e42f61755fb
2021/04/27 15:38:05 Информация распаковывать слой: sha256: 9e499ad45d567b53c6c6b5a72f4b2d7b37da99 751cbc4368d244f517c8951e4d
2021/04/27 15:38:41 Информация распаковывать слой: sha256: d9fe4a797d63bba1aae0765133adacf3a5facb66bdddb26bc87
8bfeeb82
2021/04/27 15:39:24 Информация распаковывать слой: sha256: 0096e55d11c829debe30a66f703997ce80ea037ff805383bd044a964282a3c43
2021/04/27 15:39:25 Информация распаковывать слой: sha256: 8edcf0ca7093145f01d7f3f491f684f94c344746494592fe2dcda225b3a1af0e
2021/04/27 15:39:37 Информация распаковывать слой: sha256: 4d1c726a5a26b9313034bbc817ef3f068419e77d624685996c12b0c66a3b5df1
2021/04/27 15:39:43 Информация распаковывать слой: sha256: 6a13c4f0f4998804e8f87d30cdaf819b2aa6c8832616bc5f8d3eda4473c09b66
2021/04/27 15:40 : 52 Информация распаковывать слой: sha256: 4041fab309df595df3c73db5496fe891a545dcaeb157b97917d4768ed71289df
2021/04/27 15:40:52 Информация распаковывать слой: sha256: 76cb4738a4de0a90bebd2feeffa33c2c924db77a15faa8c337b2f7243414059e
2021/04/27 15:41:30 Информация распаковывать слой: sha256: 9f64cb20b1233c3f0145d0bbb0f7b21eb0ea379dcac88ffb7a6c2d33583bd55e
2021/04 / 27 15:43:56 в Ф.О. распаковке слой: SHA256: 59feaf5d02284126e1b93f4f950e7dc713fd58c52d19fe9b77e2fefca93c87e2
2021/04/27 15:43:56 Информация распаковывать слоя: SHA256: bf2e5cea3f0a1120a050975921eeb2ca8f55a118d41915ecaff4f4178f05ed60
2021/04/27 15:43:56 Информация распаковывать слой: sha256: 0ecfa573ec6ff0a2c316dc5d25a1933f80262e83aa53dafeda94f7ff6f017ca4
2021/04/27 15 : 43: 56 Информация распаковать слой: sHA256: dca99f6f89e1c2a2c7c66d4f0897088bfc6b67984948c3ae6abd034bdec2e514
2021/04/27 15:44:18 Информация распаковка слой: sha256: 4ccd3fd697fdd50b44a023c6e1f937b528d885a3f87cd377fc29f9fc9928ce98
2021/04/27 15:44:19 Информация распаковка слой: sha256: ad3cb2354786ee6a093167c7506c9b0382dabb513a9f8183a7dc69abad5592ec
2021 / 04/27 15:45:02 Информация распаковывать слой: sha256: c037d6ea6ece4d087069142e882f963003746a3aee1c19de007963dac465687f
2021/04/27 15:45:02 Информация распаковывать слой: sha256: 470e0d163955845c8fdbe419c23361b31d65aea2c6885ff4f25c549ccd95d220
2021/04/27 15:45:07 Информация распаковывать слой: sha256: bff4925a97752c

e817c10f4df35 d169197b10426b1527a157e7e15
ИНФОРМАЦИЯ: Создание файла SIF…
FATAL: при выполнении сборки: при создании SIF: при создании контейнера: создание файла контейнера завершилось неудачно: open / my_images / fmriprep-20.2.1.simg: нет такого файла или каталога

ошибка построения образа докера

Здравствуйте, я работаю над анализом данных NGS, и теперь я пытаюсь создать образ докера для конвейера вызова варианта с использованием GATK4 (https://gencore.bio.nyu.edu/variant-calling-pipeline-gatk4/).

Я обнаружил ошибку при создании этого образа докера. Я новичок в биоинформатике, поэтому был бы признателен, если бы вы помогли мне решить эту проблему.

Я загрузил докер и успешно клонировал его, как показано ниже;

  git clone https://github.com/gencorefacility/variant-calling-pipeline-gatk4.git
cd вариант-вызов-конвейер-gatk4 /
  

затем я использовал следующую команду;

  сборка докера ./ -t cgsbgatk4
  

Строительство началось и обнаружено следующее сообщение об ошибке;

  [+] Корпус 4.1s (9/19)
 => [внутреннее] определение сборки загрузки из Dockerfile 0.4 с
 => => передача файла докеров: 84B 0,0 с
 => [внутренняя] загрузка .dockerignore 0,5 с
 => => контекст передачи: 2B 0,0 с
 => [внутренние] метаданные загрузки для docker.io/library/centos:centos7 2.1s
 => [1/16] ОТ докера.io / library / centos: centos7 @ sha256: 0f4ec88e21daf75124b8a9e5ca03c37a5e937e0e108a255d8

43 0,0 с
=> ЗАПИСАНО [2/16] ВЫПОЛНИТЬ yum install -y epel-release 0.0s
=> ЗАПИСАНО [3/16] ВЫПОЛНИТЬ yum -y install git wget java-1.8.0-openjdk java-1.8.0-openjdk-devel R autoconf auto 0.0s
=> ЗАПИСАНО [4/16] RUN mkdir -p / apps 0.0s
=> ЗАПИСАНО [5/16] ВЫПОЛНИТЬ git clone --branch v0.7.17 https://github.com/lh4/bwa.git /apps/bwa/0.7.17 0,0 с.
=> ОШИБКА [6/16] RUN cd /apps/bwa/0.7.17 && make && cd 1.2s
------
> [6/16] RUN cd /apps/bwa/0.7.17 && make && cd:
# 9 0.686 gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS utils.c -o utils.o
# 9 0.847 gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS kthread.c -o kthread.o
# 9 0.878 gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS kstring.c -o kstring.o
# 9 0.896 gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS ksw.c -o ksw.o
# 9 0.902 ksw.c: 29: 23: фатальная ошибка: emmintrin.h: нет такого файла или каталога
# 9 0.902 #include
# 9 0.# 9 0.902 компиляция прекращена.
# 9 0.918 make: *** [ksw.o] Ошибка 1
------
не удалось запустить исполнителя [/ bin / sh -c cd $ {BWA_HOME} && make && cd]: код выхода: 2


файл Docker;

  ОТ centos: centos7

ЗАПУСТИТЬ yum install -y epel-release

ЗАПУСТИТЬ yum -y install 
    мерзавец 
    wget 
    java-1.8.0-openjdk 
    java-1.8.0-openjdk-devel 
    Р 
    autoconf 
    automake 
    делать 
    gcc 
    perl-Data-Dumper 
    zlib-devel 
    bzip2 
    bzip2-devel 
    xz-devel 
    curl-devel 
    openssl-devel 
    ncurses-devel 
    графвиз


ENV APPS_ROOT / apps
ЗАПУСТИТЬ mkdir -p $ {APPS_ROOT}

####################################################################
#BWA = 'bwa / intel / 0.7,17 '

ENV BWA_VERSION 0.7.17

ENV BWA_HOME $ {APPS_ROOT} / bwa / $ {BWA_VERSION}
ENV PATH $ {BWA_HOME}: $ {PATH}

ЗАПУСТИТЬ git clone --branch v $ {BWA_VERSION} https://github.com/lh4/bwa.git $ {BWA_HOME}
ЗАПУСТИТЬ cd $ {BWA_HOME} && make && cd

####################################################################
#PICARD = 'picard / 2.17.11'

ENV PICARD_VERSION 2.17.11

ENV JAVA_HOME / и т.д. / альтернативы / jre
ENV PICARD_HOME $ {APPS_ROOT} / picard / $ {PICARD_VERSION}
ENV PICARD_JAR $ {PICARD_HOME} / picard - $ {PICARD_VERSION} .jar

ЗАПУСТИТЬ mkdir -p $ {PICARD_HOME}
ЗАПУСТИТЬ wget https: // github.com / broadinstitute / picard / Release / download / $ {PICARD_VERSION} /picard.jar -O $ {PICARD_JAR}

####################################################################
#GATK = 'gatk / 4.1.3.0'

ENV GATK_VERSION 4.1.3.0

ENV GATK_HOME $ {APPS_ROOT} / gatk / $ {GATK_VERSION}

ENV GATK_LOCAL_JAR $ {GATK_HOME} / gatk-package - $ {GATK_VERSION} -local.jar
ENV GATK_SPARK_JAR $ {GATK_HOME} / gatk-package - $ {GATK_VERSION} -spark.jar
ENV GATK_JAR $ {GATK_HOME} / gatk-package - $ {GATK_VERSION} -local.jar
ENV PATH $ {GATK_HOME}: $ {PATH}

ЗАПУСТИТЬ wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/${GATK_VERSION}/gatk-${GATK_VERSION}.zip 
        && mkdir $ {APPS_ROOT} / gatk 
        && распаковать gatk - $ {GATK_VERSION} .zip 
        && mv gatk - $ {GATK_VERSION} $ {APPS_ROOT} / gatk / $ {GATK_VERSION} 
        && rm gatk - $ {GATK_VERSION} .zip

####################################################################
#R = 'r / intel / 3.4.2'
# УСТАНОВЛЕНО САМЫЕ ТЕКУЩИЕ R

####################################################################
#HTSLIB 1.9
ENV HTSLIB_VERSION 1.9
ENV HTSLIB_HOME $ {APPS_ROOT} / htslib / $ {HTSLIB_VERSION}

ENV MANPATH $ MANPATH: $ {HTSLIB_HOME} / доля / человек
ENV PATH $ {PATH}: $ {HTSLIB_HOME} / bin
ENV LD_LIBRARY_PATH $ {HTSLIB_HOME} / lib: $ {LD_LIBRARY_PATH}
ENV PKG_CONFIG_PATH $ {HTSLIB_HOME} / lib / pkgconfig
ENV HTSLIB_HOME $ {HTSLIB_HOME}
ENV HTSLIB_INC $ {HTSLIB_HOME} / include
ENV HTSLIB_LIB $ {HTSLIB_HOME} / lib

ЗАПУСТИТЬ wget https: // github.com / samtools / htslib / Release / download / $ {HTSLIB_VERSION} / htslib - $ {HTSLIB_VERSION} .tar.bz2 
    && tar xjf htslib - $ {HTSLIB_VERSION} .tar.bz2 
    && rm htslib - $ {HTSLIB_VERSION} .tar.bz2 
    && cd htslib - $ {HTSLIB_VERSION} 
    && автозаголовок 
    && autoconf 
    && ./configure --prefix = $ {HTSLIB_HOME} 
    && делать 
    && сделать установку

####################################################################
#SAMTOOLS = 'samtools / intel / 1.9'

ENV SAMTOOLS_VERSION 1.9
ENV SAMTOOLS_HOME $ {APPS_ROOT} / samtools / $ {SAMTOOLS_VERSION}

ENV MANPATH $ {SAMTOOLS_HOME} / доля / человек
ENV PATH $ {SAMTOOLS_HOME} / bin: $ {PATH}
ENV LD_LIBRARY_PATH $ {SAMTOOLS_HOME} / lib: $ {LD_LIBRARY_PATH}
ENV SAMTOOLS_HOME $ {SAMTOOLS_HOME}
ENV SAMTOOLS_INC $ {SAMTOOLS_HOME} / include
ENV SAMTOOLS_LIB $ {SAMTOOLS_HOME} / lib

ЗАПУСТИТЬ wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${SAMTOOLS_VERSION}/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2 
    && tar xjf samtools - $ {SAMTOOLS_VERSION} .tar.bz2 
    && rm samtools - $ {SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2 
    && cd samtools - $ {SAMTOOLS_VERSION} 
    && автозаголовок 
    && autoconf -Wno-syntax 
    && ./configure --prefix = $ {SAMTOOLS_HOME} --with-htslib = $ {HTSLIB_HOME} 
    && делать 
    && сделать установку

####################################################################
#SNPEFF = 'snpeff / 4.3'

ENV SNPEFF_VERSION 4_3i
ENV SNPEFF_HOME $ {APPS_ROOT} / snpeff / $ {SNPEFF_VERSION}

ENV SNPEFF_JAR $ {SNPEFF_HOME} /snpEff.jar
ENV SNPSIFT_JAR $ {SNPEFF_HOME} /SnpSift.jar

ЗАПУСТИТЬ wget -O snpEff_v $ {SNPEFF_VERSION} _core.zip https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v${SNPEFF_VERSION}_core.zip/download# 
        && mkdir $ {APPS_ROOT} / snpeff 
        && распаковать snpEff_v $ {SNPEFF_VERSION} _core.zip 
        && mv snpEff $ {APPS_ROOT} / snpeff / $ {SNPEFF_VERSION}

####################################################################
# Установка пакетов R
RUN R -e "install.packages ('ggplot2', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "install.packages ('gsalib', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
RUN R -e "установить.пакеты ('reshape', repos = 'http://cran.us.r-project.org') "
RUN R -e "install.packages ('gplots', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"
  

Может кто-нибудь помочь мне разобраться в этой проблеме? Спасибо.

Как устранить ошибку «Не удается подключиться к демону Docker» {5 способов}

Введение

Пользователи, впервые знакомые с Docker, могут столкнуться с трудностями в использовании, поскольку часто сталкиваются с проблемой сразу после его установки. Ошибка «не удается подключиться к демону Docker». Ошибка в Docker обычно возникает при выполнении команды docker-compose build .

В этом руководстве мы рассмотрим возможные причины ошибки «не удается подключиться к демону Docker» и способы ее решения.

Предварительные требования

Устранение ошибки «не удается подключиться к демону Docker»

Есть несколько способов исправить ошибку «не удается подключиться к демону Docker» . Если одно решение не работает для вас, переходите к следующему методу, пока не решите проблему.

Примечание: Команда не выполняется, поскольку пользователь sudo может вызвать ошибку «не удается подключиться к демону Docker».Попробуйте добавить префикс команды sudo , чтобы убедиться, что это не причина проблемы.

Метод 1. Проверьте Docker Engine

Если механизм Docker не запущен, docker-compose не может получить к нему доступ, что приводит к ошибке.

1. Сначала проверьте, работает ли движок Docker:

  sudo service docker статус  

2. Если движок Docker не работает, запустите его с помощью следующей команды:

  sudo service docker start  

3.После запуска движка Docker попробуйте снова запустить команду docker-compose build . Если ошибка не исчезнет, ​​попробуйте одно из следующих решений.

Метод 2: Назначение права собственности на сокет Docker Unix

Ошибка «Не удается подключиться к демону Docker». Ошибка также возникает, если файлу сокета Unix для Docker не назначено правильное владение.

1. Проверьте право собственности на сокет Docker Unix:

  sudo ls -la / var / run / docker.носок  

2. При необходимости предоставьте право собственности пользователю:

  sudo chown [имя пользователя]: docker /var/run/docker.sock  

Метод 3. Проверка права собственности на используемые файлы

Проблемы с правом собственности также могут распространяться на файлы, используемые вашей сборкой Docker. Если Docker необходимо использовать файл, к которому у него нет доступа, это приводит к ошибке « не удается подключиться к демону Docker».

  sudo chown [имя пользователя]: docker / your / file / location  

  sudo usermod -aG docker [имя пользователя]  

  запуск докер-машины  

  докер-машина env  

  eval "$ (docker-machine env default)"