Суперпозиционная ошибка базисного набора

Vladchimic

Сообщения: 97
Зарегистрирован: Чт июл 08, 2004 6:39 pm
Контактная информация:

BSSE… с чем едят и для чего используют ?

Если не сложно подскажите достаточно несложно что есть BSSE, как рассчитывают, в каких случаях необходимо учитывать это в каких нет… Столкнулся с расчетом ионной пары… Надо ли ?


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Ср июн 21, 2006 8:33 am

BSSE — Basis Set Superposition Error — суперпозиционная ошибка базисного набора. Ошибка, проявляющая себя при расчете энергии фрагментации системы на части. Причина в неполноте имеющихся базисов. Когда производится расчет недиссоциированной системы, то функции базиса, принадлежащие одной подсистеме, вносят вклад в описание части волновой функции другой подсистемы и наооборот. Когда же две подсистемы пространственно разделены, подобное «уточнение» исчезает, завышая тем самым энергию диссоциировавшего комплекса.
Предложенный способ лечения — расчет энергии фрагментов в базисе всего комплекса. Алгоритмичеки это реализуется добавлением базисных функций, висящих на dummy-атомах, отвечающих истинному положению атомов второй подсистемы.

Для ионной пары, наверное ее стоит учитывать. Проблема здесь даже в другом: любая ионная пара рано или поздно превращается в неионную. Говоря в терминах ППЭ происходит пересечение ионного терма с ковалентным. ИМХО, это может внести существенно большую ошибку, нежели неучтенная BSSE, тем более, что последняя имеет тенденцию к уменьшению по мере расширения базисного набора.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Vladchimic

Сообщения: 97
Зарегистрирован: Чт июл 08, 2004 6:39 pm
Контактная информация:

Сообщение

Vladchimic » Ср июн 21, 2006 7:28 pm

Боюсь показаться не совсем понимающий, но — как следует из текста — данная погрешность возникает если мы рассчитываем эоементы комплекса и сам космплекс с использованием различных базисов. Так ли это ?


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Ср июн 21, 2006 8:40 pm

нет, не так.

Допустим мы считаем комплекс А-В (где А и В могут быть произвольными фрагментами системы). Если считать энергию комплекса тогда, когда расстояние А-В невелико, базисные функции, центрированные на ядрах подсистемы В, вносят вклад в описание элекронного распределения подсистемы А и наоборот. По мере того, как мы пространственно разносим А и В, этот вклад уменьшается и в пределе больших расстояний исчезает. Т.о. описание электронного распределения в недиссоциированном комплексе оказывается «лучше», чем описание диссоциировавшего комплекса, что и есть, по определению, BSSE.
Базис же, как видно, все время один и тот же.

Последний раз редактировалось Nord Пт июн 23, 2006 11:31 am, всего редактировалось 1 раз.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Vladchimic

Сообщения: 97
Зарегистрирован: Чт июл 08, 2004 6:39 pm
Контактная информация:

Сообщение

Vladchimic » Чт июн 22, 2006 3:15 pm

Спасибо.. уже яснее.
————————————————————————-
Предложенный способ лечения — расчет энергии фрагментов в базисе всего комплекса. Алгоритмичеки это реализуется добавлением базисных функций, висящих на dummy-атомах, отвечающих истинному положению атомов второй подсистемы
————————————————————————-
Можети ли Вы привести какой либо практический пример расчета коррекции BSSE или, что наверно лучше, предложенного выше способа лечения ? Если это конечно не сложно. Можно на чем либо простом. Если можно или нужно — пишите на vladchimic@mail.ru
Проблему для меня представляет второе предложение: «Алгоритмически…и т.д».


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Пт июн 23, 2006 11:38 am

Чтобы скорректировать BSSE, поступают так:
Энергию фрагмента А считают в базисе, где кроме базисных функций, центрированных на ядрах подсистемы А, есть еще и базисные функции, расположенные на местах, где были бы ядра подсистемы В при равновесной геометрии комплекса А-В.
Аналогично поступают при расчете энергии фрагмента В. Чисто практически это реализуется введением «мнимых атомов», у которых нет заряда, но которые могут нести на себе базисный набор. Ключевое слово для поиска — «dummy atoms».

В самом деле, никто же не мешает «вешать» базисные функции не только в положения реальных ядер системы, но и в любое друго место, например, часто добавляют т.н. «связевые» функции — функции базиса, центрированные между атомами, которые, как предполагается, имеют связь друг с другом.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Rt19

Сообщения: 217
Зарегистрирован: Вс апр 25, 2004 1:56 pm

Сообщение

Rt19 » Пн июн 26, 2006 6:52 pm

Хотелось бы добавить к ответу Nord’а, что описанная выше коррекция на суперпозиционную ошибку не всегда приближает нас к правильному ответу. Но в данной процедуре есть смысл: если оценки при таком методе расчета не совпадают с результатами, полученными при расчете без доп. функций, то это означает, что используемый базис не учитывает нужные Вам эффекты. В этом случае имеет смысл базис увеличить.


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Пн июл 03, 2006 12:31 pm

Согласен, вопрос о том, следует ли учитывать суперпозиционную ошибку, до сих пор является предметом разногласий, однако, приведенная процедура позволяет проверить адекватность выбора базисного набора в процессах фрагментации системы.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Vladchimic

Сообщения: 97
Зарегистрирован: Чт июл 08, 2004 6:39 pm
Контактная информация:

BSSE… с чем едят и для чего используют ?

Если не сложно подскажите достаточно несложно что есть BSSE, как рассчитывают, в каких случаях необходимо учитывать это в каких нет… Столкнулся с расчетом ионной пары… Надо ли ?


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Ср июн 21, 2006 8:33 am

BSSE — Basis Set Superposition Error — суперпозиционная ошибка базисного набора. Ошибка, проявляющая себя при расчете энергии фрагментации системы на части. Причина в неполноте имеющихся базисов. Когда производится расчет недиссоциированной системы, то функции базиса, принадлежащие одной подсистеме, вносят вклад в описание части волновой функции другой подсистемы и наооборот. Когда же две подсистемы пространственно разделены, подобное «уточнение» исчезает, завышая тем самым энергию диссоциировавшего комплекса.
Предложенный способ лечения — расчет энергии фрагментов в базисе всего комплекса. Алгоритмичеки это реализуется добавлением базисных функций, висящих на dummy-атомах, отвечающих истинному положению атомов второй подсистемы.

Для ионной пары, наверное ее стоит учитывать. Проблема здесь даже в другом: любая ионная пара рано или поздно превращается в неионную. Говоря в терминах ППЭ происходит пересечение ионного терма с ковалентным. ИМХО, это может внести существенно большую ошибку, нежели неучтенная BSSE, тем более, что последняя имеет тенденцию к уменьшению по мере расширения базисного набора.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Vladchimic

Сообщения: 97
Зарегистрирован: Чт июл 08, 2004 6:39 pm
Контактная информация:

Сообщение

Vladchimic » Ср июн 21, 2006 7:28 pm

Боюсь показаться не совсем понимающий, но — как следует из текста — данная погрешность возникает если мы рассчитываем эоементы комплекса и сам космплекс с использованием различных базисов. Так ли это ?


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Ср июн 21, 2006 8:40 pm

нет, не так.

Допустим мы считаем комплекс А-В (где А и В могут быть произвольными фрагментами системы). Если считать энергию комплекса тогда, когда расстояние А-В невелико, базисные функции, центрированные на ядрах подсистемы В, вносят вклад в описание элекронного распределения подсистемы А и наоборот. По мере того, как мы пространственно разносим А и В, этот вклад уменьшается и в пределе больших расстояний исчезает. Т.о. описание электронного распределения в недиссоциированном комплексе оказывается «лучше», чем описание диссоциировавшего комплекса, что и есть, по определению, BSSE.
Базис же, как видно, все время один и тот же.

Последний раз редактировалось Nord Пт июн 23, 2006 11:31 am, всего редактировалось 1 раз.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Vladchimic

Сообщения: 97
Зарегистрирован: Чт июл 08, 2004 6:39 pm
Контактная информация:

Сообщение

Vladchimic » Чт июн 22, 2006 3:15 pm

Спасибо.. уже яснее.
————————————————————————-
Предложенный способ лечения — расчет энергии фрагментов в базисе всего комплекса. Алгоритмичеки это реализуется добавлением базисных функций, висящих на dummy-атомах, отвечающих истинному положению атомов второй подсистемы
————————————————————————-
Можети ли Вы привести какой либо практический пример расчета коррекции BSSE или, что наверно лучше, предложенного выше способа лечения ? Если это конечно не сложно. Можно на чем либо простом. Если можно или нужно — пишите на vladchimic@mail.ru
Проблему для меня представляет второе предложение: «Алгоритмически…и т.д».


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Пт июн 23, 2006 11:38 am

Чтобы скорректировать BSSE, поступают так:
Энергию фрагмента А считают в базисе, где кроме базисных функций, центрированных на ядрах подсистемы А, есть еще и базисные функции, расположенные на местах, где были бы ядра подсистемы В при равновесной геометрии комплекса А-В.
Аналогично поступают при расчете энергии фрагмента В. Чисто практически это реализуется введением «мнимых атомов», у которых нет заряда, но которые могут нести на себе базисный набор. Ключевое слово для поиска — «dummy atoms».

В самом деле, никто же не мешает «вешать» базисные функции не только в положения реальных ядер системы, но и в любое друго место, например, часто добавляют т.н. «связевые» функции — функции базиса, центрированные между атомами, которые, как предполагается, имеют связь друг с другом.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


Rt19

Сообщения: 217
Зарегистрирован: Вс апр 25, 2004 1:56 pm

Сообщение

Rt19 » Пн июн 26, 2006 6:52 pm

Хотелось бы добавить к ответу Nord’а, что описанная выше коррекция на суперпозиционную ошибку не всегда приближает нас к правильному ответу. Но в данной процедуре есть смысл: если оценки при таком методе расчета не совпадают с результатами, полученными при расчете без доп. функций, то это означает, что используемый базис не учитывает нужные Вам эффекты. В этом случае имеет смысл базис увеличить.


Nord

Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение

Nord » Пн июл 03, 2006 12:31 pm

Согласен, вопрос о том, следует ли учитывать суперпозиционную ошибку, до сих пор является предметом разногласий, однако, приведенная процедура позволяет проверить адекватность выбора базисного набора в процессах фрагментации системы.

Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки


350 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

Рис. 5.1. Распределение электронной плотности в пространственных равновесных структурах димера (а) и тримера (б) ацетилена. Воспроизводится с разрешения из [5.3]. Сopyright 1996 American Chemical Society

NH2, CH3) равна 20—40 ккал/моль, а энергия отрыва иона в ион-молеку- лярных комплексах типа YЧC4O2(NH2)2 составляет 122,6 (Y = Ca2+), 179,9 (Y = Mg2+) и 259,9 (Y = Be2+) ккал/моль соответственно [5.2].

В газовой и жидкой фазах существуют комплексы из трех и большего числа молекул (тримеры, тетрамеры, пентамеры и т. д.), например, (HF)3, (HF)6, (H2O)3, (NH3)3, (С2Н2)3, для которых циклическая структура, как правило, более устойчива, чем цепочечная (рис. 5.1). Для таких систем полная энергия взаимодействия неаддитивна, она отличается от суммы парных взаимодействий молекул.

Информацию о межмолекулярных взаимодействиях получают из экспериментов по рассеянию атомных и молекулярных пучков, измерений теплофизических свойств жидкостей и газов, измерений энергий сублимации, фононных спектров и упругих характеристик кристаллов, спектроскопических измерений колебательно-вращательных спектров, времен спиновой и спиново-решеточной релаксации [5.4—5.6], но все эти методы дают лишь косвенную информацию и не позволяют установить природу взаимодействий, что является задачей квантовой химии.

Ограничимся рассмотрением невалентных взаимодействий в молекулярных системах в газовой фазе. Существуют два неэмпирических подхода к квантово-химическому описанию таких взаимодействий. Первый из них состоит в вариационном расчете комплекса из нескольких молекул как единой системы — «супермолекулы», второй использует теорию возмущений, рассматривая межмолекулярное взаимодействие как малое возмущение молекул, являющихся частью некоторой системы [5.7—5.9]. Разрабатывают также различные полуэмпирические модификации этих подходов, среди которых наиболее известно атом-атом- ное приближение [5.10].

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

351

5.1.КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ МЕЖМОЛЕКУЛЯРНЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ

5.1.1. Метод супермолекулы

Вариационный расчет супермолекулы — совокупности молекул, входящих в систему, — ничем принципиально не отличается от расчета отдельных молекул. Его спецификой является лишь тот факт, что молекулы в системе разделены расстояниями R і 3 и электронная плотность в межмолекулярном пространстве довольно мала и почти однородна. Кроме того, при таких расстояниях соотношение различных вкладов в энергию системы таково, что основной вклад во взаимодействие определяется электростатикой и корреляцией электронов; результирующие силы известны как силы Ван-дер-Ваальса. Оба обстоятельства требуют для описания расширенный базис с хорошо подобранными функциями и учет эффекта корреляции электронов. Из-за малости и почти однородности ЭП в межмолекулярном пространстве, а также ограниченной точности корреляционных функционалов, стандартные методы основанные на теории функционала плотности (ТФП) оказались непригодными для описания ван-дер-ваальсовых взаимодействий с доминирующим вкладом корреляции электронов [5.11]. Поэтому разработано несколько версий методов ТФП, включающих нелокальные обменно-корреляционные функционалы, которые содержат член, специально калиброванный для описания дальнодействующих сил [5.12—5.15]. Тем не менее, исследование эффектов межмолекулярного взаимодействия с помощью методов типа метода связанных кластеров и с использованием широких базисных наборов является предпочтительным.

Структура супермолекулы обычно имеет те же элементы, что и обычный молекулярный граф: в ней можно выделить линии связи, соединяющие атомы в разных молекулах и проходящие через критические точки (КТ) типа (3, –1) в электронной плотности, а также кольцевые и клеточные КТ в межмолекулярном пространстве, причем полный набор критических точек подчиняется правилу Пуанкаре—Хопфа (см. подразд. 4.3.2).

Рассмотрим характерные особенности распределения электронной плотности в супермолекулах димеров бензола с Т-образной, параллельно-сме- щенной и сэндвичеобразной структурой (рис. 5.2, см. цв. вклейку). В газовой фазе первые два типа димеров отвечают минимумам на поверхности потенциальной энергии (структура с параллельно-смещенными молекулами более устойчива), а сэндвич — переходному состоянию между ними. Принято считать, что параллельно-смещенная и сэндвичеобразная структуры образуются за счет стекинг-взаимодействий — невалентных взаимодействий между выложенными в стопку молекулами. Эти взаимодействия реализуются между p-системами ароматических колец и имеют ван-дер- ваальсову природу. Такие взаимодействия, наряду с водородной связью, играют важнейшую роль в формировании структуры биомолекул, в частности, двойной спирали ДНК. На рис. 5.2 приведена картина межмолекулярных линий связи и критических точек разных типов в трех указан-

352 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

ных супермолекулах. Как мы видим, стекинг-взаимодействия действительно проявляются в виде линий связи ЭП в параллельно-смещенной и сэндвичеобразной структурах, причем их число зависит от взаимного расположения мономеров в системе [5.16—5.18]. Наиболее энергетически стабильной системе соответствует наибольшая энергия межмолекулярного взаимодействия. Необходимо подчеркнуть низкие значения ЭП и лапласиана ЭП в КТ межмолекулярных связей, равные r(rb) ~ 0,0035 ат. ед. и С2r(rb) ~ 0,009 ат. ед. соответственно.

Димер ацетилена, отвечающий глобальному минимуму ППЭ (см. рис. 5.1, а), представляет собой пример так называемой «конфликтной» системы, которые встречаются при расчетах в газовой фазе молекулярных систем с фиксированной геометрией. Линия связи в этом димере соединяет атом Н одной молекулы с критической точкой (3, –1) на связи СС другой, причем распределение ЭП вокруг межмолекулярной КТ связи почти однородно. Поскольку минимум ППЭ неглубок, бесконечно малое смещение атомов С от их фиксированных положений приводит к тому, что линия межмолекулярной связи смещается к более близкому соседнему атому. Такая энергетическая и топологическая нестабильность заставляет систему совершать колебания между двумя устойчивыми состояниями. На деле это означает, что молекулярные системы типа димера ацетилена существуют лишь как динамические системы.

В случае, когда взаимодействие происходит между разными молекулами или между молекулами, имеющими неподеленные электронные

Аr

Аr

КТ (3, –1)

O

C

O

O

C

O

а

б

Рис. 5.3. Распределения электронной плотности (а) и лапласиана ЭП (б) равновесной системы ArЧCO2 [расчет методом МР2/TZ2P+G(df)]. Стрелка указывает область локальной концентрации заряда в валентной оболочке атома Ar. Изолинии проведены с интервалом (2, 4, 8) Ч 10n ат. ед. (n = –3, –2, –1, 0, 1, 2, 3); на карте лапласиана ЭП отрицательные значения функции, показанные непрерывными линиями, отвечают концентрации электронов. Воспроизводится с разрешения из [5.19]. Сopyright 1998 American Chemical Society

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

353

пары, в электронном распределении наблюдаются интересные особенности. Рассмотрим равновесную систему ArЧCO2, распределение ЭП и лапласиана ЭП которой показано на рис. 5.3. Энергия взаимодействия ArЧЧЧCO2 равна 0,68 ккал/моль. На линии ArЧЧЧC в электронной плотности имеется критическая точка (3, –1), параметры которой весьма близки к характеристикам аналогичной точки, отвечающей стекинг-взаимодействиям в димере бензола [5.3, 5.19]. Таким образом, можно заключить, что линия, соединяющая ядра атомов Ar и C, является линией связи. Кроме того, в валентной оболочке атома Ar наблюдаются области концентрации и деконцентрации заряда, которые различаются в максимальном и минимальном значениях С2r на 0,03 ат. ед. Максимум локальной концентрации заряда лежит на линии связи ArЧЧЧC и направлен на область деконцентрации заряда в валентной оболочке атома С в молекуле CO2; такое расположение взаимно дополнительных элементов электронной структуры благоприятствует связыванию в димере ArCO2.

Похожая картина связывания наблюдается в димере (Cl2)2 (рис. 5.4): область концентрации электронов, обусловленная неподеленными электронными парами одного мономера, «смотрит» на область деконцентрации электронов за ядром на продолжении линии внутримолекулярной связи в другом мономере. Расстояние, разделяющее молекулы в димере,

КТ (3, –1)

Cl

Cl

Cl

Cl

а

б

в

Рис. 5.4. Распределение электронной плотности (а) и трехмерное (б) и двумерное (в) изображения распределения лапласиана электронной плотности в молекулярном димере (Cl2)2 [расчет методом MP2//6-311++G(2d)]. Показаны также границы атомных бассейнов и межмолекулярная критическая точка (3, –1). Изолинии проведены с интервалом (2, 4, 8) Ч 10n ат. ед. (n = –3, –2, –1, 0, 1, 2, 3); на карте лапласиана ЭП отрицательные значения функции показаны непрерывными линиями [5.20]

354 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

b

a

o

c

а

б

Рис. 5.5. Структура кристалла Cl2 (а) и распределение лапласиана электронной плотности в слое молекул (б), полученное методом ХФ//6-21G*. Показаны также положения межмолекулярных критических точек (3, –1). Изолинии проведены с интервалом (2, 4, 8) Ч 10n ат. ед. (n = –3, –2, –1, 0, 1, 2, 3); отрицательные значения лапласиана ЭП показаны непрерывными линиями [5.20]

составляет RClЧЧЧCl = 3,368 , параметры КТ межмолекулярной связи: r(rb) = 0,0067 ат. ед., С2r(rb) = +0,0296 ат. ед., а энергия межмолекулярного взаимодействия равна 1,61 ккал/моль. Важно также отметить следующий обнаруживающийся факт: свободный димер (Cl2)2 весьма близок по строению к аналогичному фрагменту структуры в молекулярном кристалле Cl2 (рис. 5.5). Молекулы Cl2 образуют в ромбической элементар-

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

355

ной ячейке этого кристалла слои, параллельные плоскости , причем кратчайшее расстояние между соседними молекулами в плоскости равно 3,284 , а взаимная ориентация молекул в слое такая же, как и в димере. Сравнивая рис. 5.4 и рис. 5.5, нетрудно убедиться в том, что пространственная организация областей повышенной и пониженной концентрации электронов в димере и кристалле, отражающаяся в лапласиане ЭП, одинакова, а параметры межмолекулярной связи в кристалле — r(rb) = 0,0092 ат. ед. и С2r(rb) = +0,0434 ат. ед. — имеют одинаковый порядок с таковыми в димере. К этому необходимо добавить, что угол ClClЧЧЧCl в димере, составляющий 176,4°, близок к аналогичному углу в кристалле (170,4°). Прецизионный рентгеноструктурный анализ дает экспериментальное подтверждение изложенным фактам [5.20].

Картину межмолекулярного связывания, при котором локальная область электронной концентрации выступает как нуклеофил, а область локальной деконцентрации электронов ведет себя как электрофил, можно истолковать как признаки одного из механизмов молекулярного распознавания. Эти механизмы очень важны в супрамолекулярной химии и биохимии. Кроме того, они зачастую определяют трехмерную архитектуру органических и элемент-органических кристаллов [5.18, 5.21, 5.22]. Подчеркнем деталь, важную для молекулярного дизайна новых соединений: в системах с таким характером межмолекулярного взаимодействия можно приблизительно оценить структуру кристалла, зная строение молекулярного димера, при условии, что последний обладает конформационной жесткостью.

Отметим, что притяжение неподеленных электронных пар одной молекулы в кристалле Cl2 к ядрам ближайших атомов в соседних молекулах в слое увеличено в силу специфики электронного распределения в валентных электронных оболочках (см. рис. 5.4 и 5.5). Это объясняет наличие укороченного межмолекулярного контакта ClЧЧЧCl, намного меньше-

го, чем удвоенный ван-дер-ваальсов радиус атома хлора 2RВдВ = 3,6 . Такая особенность проявляется как в димере (Cl2)2, так и в молекуляр-

ном кристалле хлора и, следовательно, имеет общий характер.

В молекулярных кристаллах случаи, когда кратчайшие расстояния между соседними молекулами меньше, чем сумма ван-дер-ваальсовых радиусов контактирующих атомов, встречаются нередко. Невалентные взаимодействия такого рода часто называют «специфическими» [5.23], поскольку классическая структурная химия не находит им объяснения. В то же время, в рамках квантово-топологической теории такое объяснение получается естественным образом.

Мы видим, что во всех рассмотренных комплексах параметры КТ межмолекулярных связей близки по величине. Анализ показывает, что их типичные значения для ван-дер-ваальсовых связей следующие (в ат. ед.):

r(rb) = 0,003—0,010, С2r(rb) = 0,01—0,04, e(rb) ~ 0,001; Ѕv(rb)Ѕ/g(rb) < 1, g(rb)/r(rb) > 1. Таким образом, молекулярные ван-дер-ваальсовы взаимо-

действия относятся к I-й группе взаимодействий, согласно классификации, представленной в гл. 4.

Важно подчеркнуть следующее. Механизм ван-дер-ваальсовых взаимодействий ничем не отличается от механизма, определяющего образо-

356 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

вание молекул. Мы подробно рассмотрели его в подразд. 4.1.3, где проанализировали процесс образования молекулы Ar2. На расстояниях R > 4 пара атомов Ar слабо связана и полная энергия системы отрицательна (см. рис. 4.2, а). В то же время на каждое ядро в этой системе действует сила Гельмана—Фейнмана (4.4), а на электроны — сила Эренфеста (см. разд. 4.4.), то есть система нестабильна. При R > 4—5 соотношение этих сил таково, что взаимодействие в значительной мере определяется корреляцией электронов. Действие результирующих сил, сил Ван-дер-Ва- альса, проявляется в виде поляризации атомных электронных облаков. Другими словами, на каждом из атомов индуцируется дипольный момент, и центры тяжести атомных электронных облаков смещаются друг к другу, образуя соединяющий ядра мостик ЭП [5.24] (см. рис. 4.1). Это и приводит к тому, что действующие на ядра силы Гельмана—Фейнмана будут притягивающими вплоть до сближения ядер на равновесное расстояние Re.

Из теоремы вириала (4.19) следует, что, поскольку при больших расстояниях сила Гельмана—Фейнмана в системе Ar2 отрицательна и стремится «сдвинуть» ядра по направлению друг к другу, то при уменьшении R кинетическая энергия системы должна уменьшаться, а потенциальная — увеличиваться по абсолютной величине по сравнению с соответствующими энергиями суперпозиции невзаимодействующих атомов. При этом уменьшение кинетической энергии доминирует. Чтобы вклад электронов в межъядерной области в притягивающие силы превышал при R > Re силу отталкивания ядер, между ядрами, должны аккумулироваться электроны. Соответственно потенциальная энергия в этой области понижается. Согласно теореме вириала потенциальная энергия вносит наибольший стабилизирующий вклад в понижение общей энергии в тех областях, где сконцентрированы электроны.

Таким образом, механизм связывания в ван-дер-ваальсовых системах таков же, как и в валентно связанных молекулах. Имеются, однако, два важных количественных отличия. Во-первых, глубина равновесного минимума на ППЭ в ван-дер-ваальсовых комплексах в ~100 раз (в комплексах благородных газов — в ~1000 раз) меньше чем в обычных молекулах. Во-вторых, электронная плотность в КТ межмолекулярных связей гораздо ниже, чем в КТ валентных связей.

Энергия межмолекулярного взаимодействия молекул А, В, С, … , составляющих комплекс АВС …, равна

Емежмол = ЕАВС… – (ЕА + ЕВ + ЕС + …).

(5.1)

Емежмол — маленькая величина, равная ~1 % от полной энергии системы, и для ее расчета необходимо очень точно вычислять энергию каждого ком-

понента. По той же причине, что и в случае расчета энергии диссоциации молекул, здесь необходим учет электронной корреляции. Кроме того, чтобы описать потенциальную поверхность вдали от равновесия (R > 5 ) нужен широкий базисный набор, включающий диффузные функции и обеспечивающий согласование по размеру и пропорциональность между энергией системы и энергиями составляющих ее подсистем.

Вычисляя энергию взаимодействия молекул вариационным методом, следует иметь в виду, что набор базисных функций, относящихся ко всем

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

357

молекулам комплекса, более широк, чем базис, в котором рассчитывалась каждая молекула в отдельности. Поэтому возникает ошибка, известная как суперпозиционная ошибка базиса (basis set superposition error — BSSE). Она приводит к искусственному занижению энергии молекулярного комплекса, а значит к завышенной энергии взаимодействия. Чтобы исправить эту ошибку, наиболее часто используют метод компенсации суперпозиционной ошибки (counterpoise correction — CP) [5.25], идея которого состоит в следующем. Рассчитывают энергию комплекса, оптимизируя его структуру в полном базисном наборе; затем рассчитывают энергии отдельных молекул с оптимизированной геометрией в базисе, который содержит «орбитали-призраки» — функции, центрированные на атомных центрах соседних молекул. При этом полагают, что заряды ядер последних равны нулю, и берут число электронов равным таковому в рассматриваемой молекуле. Тогда компенсационная поправка на суперпозиционную ошибку базиса равна

&3 $ $%& %$%& &$%& $ $ %% && (5.2)

а исправленная энергия взаимодействия молекул

Емежмол (исправл) = Емежмол – DEСР .

(5.3)

Величину суперпозиционной ошибки и ее зависимость от базисного набора иллюстрирует табл. 5.1. Приведенные данные справедливы для всех расчетных методов: по мере расширения базисного набора и его балансировки суперпозиционная ошибка базиса уменьшается и даже становится равной нулю.

Таблица 5.1. Суперпозиционная ошибка базисных наборов (ккал/моль) при расчете энергии межмолекулярного взаимодействия в димере воды

методом BLYP

Базисный набор

Энергия молекулярного

Суперпозиционная ошибка

взаимодействия

базисного набора

STO-3G

13,1

10,9

3-21G

14,7

9,4

6-31G(d, p)

7,9

3,3

6-31+4-G(d, p)

5,6

0,8

6-311++G(d, p)

5,4

0,8

6-3114+G(3df, 2p)

4,5

0,3

aug-cc-pVDZ

4,3

0,2

aug-cc-pVTZ

4,2

0,0

aug-cc-pVQZ

4,2

0,0

358 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

Описанный метод компенсации суперпозиционной ошибки исправляет погрешность расчета posteriori и не дает исправленной волновой функции, из которой можно было бы определить правильное значение энергии молекулярного взаимодействия, вычисляя среднее значение соответствующего оператора Гамильтона. Такую возможность предоставляет другой метод, использующий так называемый химический гамильтониан [5.26]. Идея метода состоит в том, что матричные элементы гамильтониана разделяются на внутримолекулярные, «чисто межмолекулярные» и связанные с суперпозиционной ошибкой базиса. Последние устраняются из рассмотрения, из-за чего гамильтониан теряет свойство эрмитовости. Тем не менее, используя теорему Бриллюэна, можно построить набор самосогласованных уравнений, которые позволяют получить псевдоканонические МО, а с помощью последних можно вычислить энергию молекулярного комплекса, свободную от суперпозиционной ошибки. Такую схему можно построить не только в методе Хартри— Фока, но и в методах Кона—Шэма [5.27] и теории возмущений Мёлле- ра—Плессета [5.28]. Результаты, получаемые в рамках методов компенсации суперпозиционной ошибки и химического гамильтониана, при достаточно широком сбалансированном базисе стремятся к одним и тем же значениям.

5.1.2. Методы теории возмущений

Другой неэмпирический подход состоит в использовании теории возмущений Рэлея—Шредингера [5.4—5.6] (см. подразд. 3.3.2). Отдельные молекулы системы АВС… описывают гамильтонианами НА, НВ, НС, …, а полный гамильтониан системы представляют в виде Н = Н0 + V. Здесь Н0 = НА + НВ + НС + …, а V — малое по величине при больших расстояниях между молекулами возмущение, описывающее межмолекулярное взаимодействие, которое носит электростатический характер.

Для простоты рассмотрим случай взаимодействия двух молекул А и В. Оператор возмущения имеет вид (в атомной системе единиц)

. $

1

$

= D

. % 1%

= E

1

$

1%

. $

. %

= D

= E

9 ¦ ¦

U

¦ ¦

U

¦ ¦

U

¦ ¦

5

L z M D z E

(5.4)

D

L

DL

E L EL

L

M LM

D

E

DE

где индексы а и b нумеруют ядра в молекулах А и В, а i и j — электроны. Первые два члена выражения (5.4) описывают энергию электростатического притяжения электронов и ядер, а два других — энергию межэлектронного и межъядерного отталкивания. Считают, что при расстоянии между молекулами, превышающем 4—5 , межмолекулярной интерференцией волновых функций, а следовательно, и обменом можно пренебречь. Тогда волновую функцию молекулярной системы Y можно записать в виде произведения волновых функций молекул YА и YВ, при этом соответствующее уравнение Шредингера имеет вид

(НА + НВ)YАnYВm = (ЕАn + ЕВm)YАnYВm.

(5.5)

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

359

Энергии ЕАn и ЕВm и квантовые числа n и m характеризуют состояния изолированных молекул. Заметим, что при учете обмена представление волновой функции в виде Y = YАYВ неоправданно и полная волновая функция должна быть антисимметризована. Такой путь ведет к более сложной (но и более точной) симметрийно-адаптированной теории возмущений [5.29].

Энергия прямого электростатического взаимодействия невозмущен-

ных молекул

Е0 = бYАnYВmЅVЅYАnYВmс

(5.6)

представляет собой среднее значение оператора возмущения, вычисленное с невозмущенными волновыми функциями (первый порядок теории возмущений). Выражение (5.6) можно переписать и через электронные плотности состояний изолированных молекул:

(ЫЙ ПР

¦ = D і UPP% UM

GUM ¦ = E

і UQQ$ UL

GUL

UDM

D P

E Q

UEM

(5.7)

U$

U%

= D = E

¦

і

U

U

GU

GU

¦

D z E

5

QQ

L

PP

M

U

L

M

Q P

LM

D E

DE

Теперь члены, ответственные за электронно-ядерное притяжение молекул и их межэлектронное и межъядерное отталкивание, наглядно видны.

Вклады в энергию межмолекулярного взаимодействия, связанные со взаимной поляризацией молекул, описываются более высокими порядками теории возмущений. Обычно ограничиваются вторым порядком; тогда выражение для поляризационной энергии двух молекул, находящихся в основных состояниях, имеет следующий вид (см. подразд. 3.3.2):

(НМЙЭО

<$$Q<%P$

9

<$%<% %

(5.8)

¦

(Q ( (P (

Q

P

В этом выражении можно выделить два разных по физическому содержанию члена:

Eполяр = Eинд + Eдисп.

(5.9)

Индукционная энергия

(

ЖЛВ

¦

<$

<%P

9

<

$ <%

¦

<

$Q

<%

9

<

$ <%

(5.10)

(

(

%

%

$

$

P

(P

Q

(Q

отвечает взаимодействию невозмущенной молекулы А с поляризованной ею молекулой В — первое слагаемое в (5.10) — и, наоборот, взаимодействию невозмущенной молекулы В с поляризованной ею молекулой А — второе слагаемое в (5.10). Энергия Еинд для молекул в основном состоянии всегда отрицательна, то есть отвечает притяжению. Для нейтральных

From Wikipedia, the free encyclopedia

In quantum chemistry, calculations using finite basis sets are susceptible to basis set superposition error (BSSE). As the atoms of interacting molecules (or of different parts of the same molecule — intramolecular BSSE)[1][2] approach one another, their basis functions overlap. Each monomer «borrows» functions from other nearby components, effectively increasing its basis set and improving the calculation of derived properties such as energy.[3] If the total energy is minimised as a function of the system geometry, the short-range energies from the mixed basis sets must be compared with the long-range energies from the unmixed sets, and this mismatch introduces an error.

Other than using infinite basis sets, two methods exist to eliminate the BSSE. In the chemical Hamiltonian approach (CHA),[4][5] basis set mixing is prevented a priori, by replacing the conventional Hamiltonian with one in which all the projector-containing terms that would allow mixing have been removed. In the counterpoise method (CP),[6][7][8] the BSSE is calculated by re-performing all the calculations using the mixed basis sets, and the error is then subtracted a posteriori from the uncorrected energy. (The mixed basis sets are realised by introducing «ghost orbitals», basis set functions which have no electrons or protons.[2] It however has been shown that there is an inherent danger in using counterpoise corrected energy surfaces, due to the inconsistent effect of the correction in different areas of the energy surface.[3]) Though conceptually very different, the two methods tend to give similar results.[9] It also has been shown that the error is often larger when using the CP method since the central atoms in the system have much greater freedom to mix with all of the available functions compared to the outer atoms. Whereas in the CHA model, those orbitals have no greater intrinsic freedom and therefore the correction treats all fragments equally.[10] The errors inherent in either BSSE correction disappear more rapidly than the total value of BSSE in larger basis sets.[11]

References[edit]

  1. ^ Balabin, Roman M. (2008). «Enthalpy difference between conformations of normal alkanes: Intramolecular basis set superposition error (BSSE) in the case of n-butane and n-hexane». J. Chem. Phys. 129 (16): 164101. Bibcode:2008JChPh.129p4101B. doi:10.1063/1.2997349. PMID 19045241.
  2. ^ a b Hobza, Pavel; Müller-Dethlefs, Klaus (2010). Non-covalent Interactions: Theory and Experiment (PDF). Cambridge, England: Royal Society of Chemistry. p. 13. ISBN 978-1-84755-853-4. Archived from the original (PDF) on 2011-06-06. Retrieved 2010-05-21.
  3. ^ a b Liedl, Klaus R. (1998). «Dangers of counterpoise corrected hypersurfaces. Advantages of basis set superposition improvement». The Journal of Chemical Physics. 108 (8): 3199–3204. Bibcode:1998JChPh.108.3199L. doi:10.1063/1.475715.
  4. ^ Mayer, I.; Valiron, P. (1998). «Second order Møller–Plesset perturbation theory without basis set superposition error». J. Chem. Phys. 109 (9): 3360–3373. Bibcode:1998JChPh.109.3360M. doi:10.1063/1.476931.
  5. ^ Bende, Attila. «THE CHEMICAL HAMILTONIAN APPROACH (CHA)». Retrieved 14 May 2010.
  6. ^ Van Duijneveldt, Frans B.; van Duijneveldt-van de Rijdt, Jeanne G. C. M.; van Lenthe, Joop H. (1994). «State of the art in counterpoise theory». Chem. Rev. 94 (7): 1873–1885. doi:10.1021/cr00031a007.
  7. ^ Rösch, N. (2003). «Counterpoise Correction». Technical University of Munich, Quantum Chemistry Laboratory. Archived from the original on 18 April 2015. Retrieved 14 May 2010.
  8. ^ Sedano, Pedro Salvador (2000). «Counterpoise Corrected Potential Energy Surfaces». University of Girona. Retrieved 14 May 2010.
  9. ^ Paizs, Béla; Suhai, Sándor (1998). «Comparative study of BSSE correction methods at DFT and MP2 levels of theory». J. Comput. Chem. 19 (6): 575–584. doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19980430)19:6<575::AID-JCC1>3.0.CO;2-O.
  10. ^ Mentel, Lukasz; Baerends, Evert Jan (2013). «Can the Counterpoise Correction for Basis Set Superposition Effect Be Justified?». J. Comput. Chem. 10 (1): 252–267. doi:10.1021/ct400990u. PMID 26579908.
  11. ^ Mayer, I. (2004). «Interrelations between the a priori and a posteriori BSSE correction schemes». Int. J. Quantum Chem. 100 (4): 559–566. doi:10.1002/qua.10827.

See also[edit]

  • Basis set (chemistry)
  • Quantum chemistry
  • Quantum chemistry computer programs

From Wikipedia, the free encyclopedia

In quantum chemistry, calculations using finite basis sets are susceptible to basis set superposition error (BSSE). As the atoms of interacting molecules (or of different parts of the same molecule — intramolecular BSSE)[1][2] approach one another, their basis functions overlap. Each monomer «borrows» functions from other nearby components, effectively increasing its basis set and improving the calculation of derived properties such as energy.[3] If the total energy is minimised as a function of the system geometry, the short-range energies from the mixed basis sets must be compared with the long-range energies from the unmixed sets, and this mismatch introduces an error.

Other than using infinite basis sets, two methods exist to eliminate the BSSE. In the chemical Hamiltonian approach (CHA),[4][5] basis set mixing is prevented a priori, by replacing the conventional Hamiltonian with one in which all the projector-containing terms that would allow mixing have been removed. In the counterpoise method (CP),[6][7][8] the BSSE is calculated by re-performing all the calculations using the mixed basis sets, and the error is then subtracted a posteriori from the uncorrected energy. (The mixed basis sets are realised by introducing «ghost orbitals», basis set functions which have no electrons or protons.[2] It however has been shown that there is an inherent danger in using counterpoise corrected energy surfaces, due to the inconsistent effect of the correction in different areas of the energy surface.[3]) Though conceptually very different, the two methods tend to give similar results.[9] It also has been shown that the error is often larger when using the CP method since the central atoms in the system have much greater freedom to mix with all of the available functions compared to the outer atoms. Whereas in the CHA model, those orbitals have no greater intrinsic freedom and therefore the correction treats all fragments equally.[10] The errors inherent in either BSSE correction disappear more rapidly than the total value of BSSE in larger basis sets.[11]

References[edit]

  1. ^ Balabin, Roman M. (2008). «Enthalpy difference between conformations of normal alkanes: Intramolecular basis set superposition error (BSSE) in the case of n-butane and n-hexane». J. Chem. Phys. 129 (16): 164101. Bibcode:2008JChPh.129p4101B. doi:10.1063/1.2997349. PMID 19045241.
  2. ^ a b Hobza, Pavel; Müller-Dethlefs, Klaus (2010). Non-covalent Interactions: Theory and Experiment (PDF). Cambridge, England: Royal Society of Chemistry. p. 13. ISBN 978-1-84755-853-4. Archived from the original (PDF) on 2011-06-06. Retrieved 2010-05-21.
  3. ^ a b Liedl, Klaus R. (1998). «Dangers of counterpoise corrected hypersurfaces. Advantages of basis set superposition improvement». The Journal of Chemical Physics. 108 (8): 3199–3204. Bibcode:1998JChPh.108.3199L. doi:10.1063/1.475715.
  4. ^ Mayer, I.; Valiron, P. (1998). «Second order Møller–Plesset perturbation theory without basis set superposition error». J. Chem. Phys. 109 (9): 3360–3373. Bibcode:1998JChPh.109.3360M. doi:10.1063/1.476931.
  5. ^ Bende, Attila. «THE CHEMICAL HAMILTONIAN APPROACH (CHA)». Retrieved 14 May 2010.
  6. ^ Van Duijneveldt, Frans B.; van Duijneveldt-van de Rijdt, Jeanne G. C. M.; van Lenthe, Joop H. (1994). «State of the art in counterpoise theory». Chem. Rev. 94 (7): 1873–1885. doi:10.1021/cr00031a007.
  7. ^ Rösch, N. (2003). «Counterpoise Correction». Technical University of Munich, Quantum Chemistry Laboratory. Archived from the original on 18 April 2015. Retrieved 14 May 2010.
  8. ^ Sedano, Pedro Salvador (2000). «Counterpoise Corrected Potential Energy Surfaces». University of Girona. Retrieved 14 May 2010.
  9. ^ Paizs, Béla; Suhai, Sándor (1998). «Comparative study of BSSE correction methods at DFT and MP2 levels of theory». J. Comput. Chem. 19 (6): 575–584. doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19980430)19:6<575::AID-JCC1>3.0.CO;2-O.
  10. ^ Mentel, Lukasz; Baerends, Evert Jan (2013). «Can the Counterpoise Correction for Basis Set Superposition Effect Be Justified?». J. Comput. Chem. 10 (1): 252–267. doi:10.1021/ct400990u. PMID 26579908.
  11. ^ Mayer, I. (2004). «Interrelations between the a priori and a posteriori BSSE correction schemes». Int. J. Quantum Chem. 100 (4): 559–566. doi:10.1002/qua.10827.

See also[edit]

  • Basis set (chemistry)
  • Quantum chemistry
  • Quantum chemistry computer programs

Ошибка наложения базисного набора — Basis set superposition error

В квантовая химия, расчеты с использованием конечных базисные наборы восприимчивы к ошибка наложения базисного набора (BSSE). Как атомы взаимодействующих молекул (или разных частей одной молекулы — внутримолекулярный BSSE)[1][2] приближаются друг к другу, их базовые функции перекрываются. Каждый мономер «заимствует» функции у других близлежащих компонентов, эффективно увеличивая свой базисный набор и улучшая расчет производных свойств, таких как энергия.[3] Если полная энергия минимизируется как функция геометрии системы, ближние энергии из смешанных базисных наборов должны сравниваться с дальнодействующими энергиями из несмешанных наборов, и это несоответствие вносит ошибку.

Помимо использования бесконечных базисных наборов, существуют два метода устранения BSSE. в химический гамильтонов подход (ЦДХ),[4][5] предотвращается смешение базисного набора априори, заменив обычные Гамильтониан с тем, в котором все проектор -содержащие термины, которые позволяли бы смешивать, были удалены. в метод противовеса (CP),[6][7][8] BSSE рассчитывается путем повторного выполнения все вычисления с использованием смешанных базисных наборов, а затем вычитается ошибка апостериорный от неисправленной энергии. (Смешанные базисные наборы реализуются путем введения «фантомных орбиталей», функций базисных наборов, в которых нет электронов или протонов.[2] Однако было показано, что существует неотъемлемая опасность использования противовесов с корректируемыми энергетическими поверхностями из-за несовместимого эффекта коррекции в различных областях энергетической поверхности.[3]Хотя концептуально эти два метода сильно различаются, они дают схожие результаты.[9] Также было показано, что ошибка часто больше при использовании метода CP, поскольку центральные атомы в системе имеют гораздо большую свободу смешивания со всеми доступными функциями по сравнению с внешними атомами. В то время как в модели CHA эти орбитали не имеют большей внутренней свободы, и поэтому поправка обрабатывает все фрагменты одинаково.[10] Ошибки, присущие любой коррекции BSSE, исчезают быстрее, чем полное значение BSSE в более крупных базисных наборах.[11]

Рекомендации

  1. ^ Балабин, Роман М. (2008). «Разница энтальпий между конформациями нормальных алканов: ошибка суперпозиции внутримолекулярного базисного набора (BSSE) в случае н-бутана и н-гексана». J. Chem. Phys. 129 (16): 164101. Bibcode:2008ЖЧФ.129п4101Б. Дои:10.1063/1.2997349. PMID  19045241.
  2. ^ а б Хобза, Павел; Мюллер-Детлефс, Клаус (2010). Нековалентные взаимодействия: теория и эксперимент (PDF). Кембридж, Англия: Королевское химическое общество. п. 13. ISBN  978-1-84755-853-4. Архивировано из оригинал (PDF) на 2011-06-06. Получено 2010-05-21.
  3. ^ а б Лидл, Клаус Р. (1998). «Опасности противовесных гиперповерхностей. Преимущества улучшения суперпозиции базисных наборов». Журнал химической физики. 108 (8): 3199–3204. Bibcode:1998ЖЧФ.108.3199Л. Дои:10.1063/1.475715.
  4. ^ Mayer, I .; Валирон, П. (1998). «Теория возмущений Меллера – Плессета второго порядка без ошибки суперпозиции базисного набора». J. Chem. Phys. 109 (9): 3360–3373. Bibcode:1998ЖЧФ.109.3360М. Дои:10.1063/1.476931.
  5. ^ Бенде, Аттила. «ХИМИЧЕСКИЙ ГАМИЛЬТОНИАН ПОДХОД (ЧА)». Получено 14 мая 2010.
  6. ^ Van Duijneveldt, Frans B .; van Duijneveldt-van de Rijdt, Jeanne G.C.M .; ван Ленте, Йооп Х. (1994). «Современное состояние теории противовеса». Chem. Ред. 94 (7): 1873–1885. Дои:10.1021 / cr00031a007.
  7. ^ Рёш, Н. (2003). «Коррекция противовеса». Технический университет Мюнхена, лаборатория квантовой химии. Получено 14 мая 2010.
  8. ^ Седано, Педро Сальвадор (2000). «Поверхности потенциальной энергии с поправкой на противовес». Университет Жироны. Получено 14 мая 2010.
  9. ^ Пайс, Бела; Сухай, Шандор (1998). «Сравнительное исследование методов коррекции BSSE на уровнях теории DFT и MP2». J. Comput. Chem. 19 (6): 575–584. Дои:10.1002 / (SICI) 1096-987X (19980430) 19: 6 <575 :: AID-JCC1> 3.0.CO; 2-O.
  10. ^ Ментель, Лукаш; Баэрэндс, Эверт Ян (2013). «Может ли быть оправдана коррекция противовеса для эффекта суперпозиции базисных множеств?». J. Comput. Chem. 10 (1): 252–267. Дои:10.1021 / ct400990u. PMID  26579908.
  11. ^ Майер, И. (2004). «Взаимосвязь между априорной и апостериорной схемами коррекции BSSE». Int. J. Quantum Chem. 100 (4): 559–566. Дои:10.1002 / qua.10827.

Смотрите также

  • Базовый набор (химия)
  • Квантовая химия
  • Компьютерные программы по квантовой химии

В квантовой химии вычисления с использованием конечных базисных наборов подвержены ошибке суперпозиции базисных наборов ( BSSE ). По мере приближения атомов взаимодействующих молекул (или разных частей одной молекулы — внутримолекулярного BSSE) их базисные функции перекрываются. Каждый мономер «заимствует» функции у других близлежащих компонентов, эффективно увеличивая свой базисный набор и улучшая расчет производных свойств, таких как энергия . Если полная энергия минимизирована как функция геометрии системы, ближние энергии из смешанных базисных наборов должны сравниваться с дальнодействующими энергиями из несмешанных наборов, и это несоответствие вносит ошибку.

Помимо использования бесконечных базисных наборов, существуют два метода устранения BSSE. В подходе химического гамильтониана (CHA) смешение базисных наборов предотвращается априори путем замены обычного гамильтониана гамильтонианом, в котором все члены, содержащие проектор , которые позволяли бы смешение, были удалены. В методе противовеса (CP) BSSE вычисляется путем повторного выполнения всех вычислений с использованием смешанных базисных наборов, а затем ошибка вычитается апостериори из нескорректированной энергии. (Смешанные базисные наборы реализуются путем введения «фантомных орбиталей», функций базисных наборов, которые не имеют электронов или протонов. Однако было показано, что существует неотъемлемая опасность при использовании поверхностей с коррекцией энергии с противовесом из-за несовместимого эффекта поправки в разных областях энергетической поверхности.) Хотя концептуально эти два метода сильно различаются, эти два метода обычно дают схожие результаты. Также было показано, что ошибка часто больше при использовании метода CP, поскольку центральные атомы в системе имеют гораздо большую свободу смешивания со всеми доступными функциями по сравнению с внешними атомами. В то время как в модели CHA эти орбитали не обладают большей внутренней свободой, и поэтому поправка обрабатывает все фрагменты одинаково. Ошибки, присущие любой коррекции BSSE, исчезают быстрее, чем полное значение BSSE в более крупных базисных наборах.

Рекомендации

Смотрите также

  • Базовый набор (химия)
  • Квантовая химия
  • Компьютерные программы по квантовой химии

From Wikipedia, the free encyclopedia

In quantum chemistry, calculations using finite basis sets are susceptible to basis set superposition error (BSSE). As the atoms of interacting molecules (or of different parts of the same molecule — intramolecular BSSE)[1][2] approach one another, their basis functions overlap. Each monomer «borrows» functions from other nearby components, effectively increasing its basis set and improving the calculation of derived properties such as energy.[3] If the total energy is minimised as a function of the system geometry, the short-range energies from the mixed basis sets must be compared with the long-range energies from the unmixed sets, and this mismatch introduces an error.

Other than using infinite basis sets, two methods exist to eliminate the BSSE. In the chemical Hamiltonian approach (CHA),[4][5] basis set mixing is prevented a priori, by replacing the conventional Hamiltonian with one in which all the projector-containing terms that would allow mixing have been removed. In the counterpoise method (CP),[6][7][8] the BSSE is calculated by re-performing all the calculations using the mixed basis sets, and the error is then subtracted a posteriori from the uncorrected energy. (The mixed basis sets are realised by introducing «ghost orbitals», basis set functions which have no electrons or protons.[2] It however has been shown that there is an inherent danger in using counterpoise corrected energy surfaces, due to the inconsistent effect of the correction in different areas of the energy surface.[3]) Though conceptually very different, the two methods tend to give similar results.[9] It also has been shown that the error is often larger when using the CP method since the central atoms in the system have much greater freedom to mix with all of the available functions compared to the outer atoms. Whereas in the CHA model, those orbitals have no greater intrinsic freedom and therefore the correction treats all fragments equally.[10] The errors inherent in either BSSE correction disappear more rapidly than the total value of BSSE in larger basis sets.[11]

See also[edit]

  • Basis set (chemistry)
  • Quantum chemistry
  • Quantum chemistry computer programs

References[edit]

  1. ^ Balabin, Roman M. (2008). «Enthalpy difference between conformations of normal alkanes: Intramolecular basis set superposition error (BSSE) in the case of n-butane and n-hexane». J. Chem. Phys. 129 (16): 164101. Bibcode:2008JChPh.129p4101B. doi:10.1063/1.2997349. PMID 19045241.
  2. ^ a b Hobza, Pavel; Müller-Dethlefs, Klaus (2010). Non-covalent Interactions: Theory and Experiment (PDF). Cambridge, England: Royal Society of Chemistry. p. 13. ISBN 978-1-84755-853-4. Archived from the original (PDF) on 2011-06-06. Retrieved 2010-05-21.
  3. ^ a b Liedl, Klaus R. (1998). «Dangers of counterpoise corrected hypersurfaces. Advantages of basis set superposition improvement». The Journal of Chemical Physics. 108 (8): 3199–3204. Bibcode:1998JChPh.108.3199L. doi:10.1063/1.475715.
  4. ^ Mayer, I.; Valiron, P. (1998). «Second order Møller–Plesset perturbation theory without basis set superposition error». J. Chem. Phys. 109 (9): 3360–3373. Bibcode:1998JChPh.109.3360M. doi:10.1063/1.476931.
  5. ^ Bende, Attila. «THE CHEMICAL HAMILTONIAN APPROACH (CHA)». Retrieved 14 May 2010.
  6. ^ Van Duijneveldt, Frans B.; van Duijneveldt-van de Rijdt, Jeanne G. C. M.; van Lenthe, Joop H. (1994). «State of the art in counterpoise theory». Chem. Rev. 94 (7): 1873–1885. doi:10.1021/cr00031a007.
  7. ^ Rösch, N. (2003). «Counterpoise Correction». Technical University of Munich, Quantum Chemistry Laboratory. Archived from the original on 18 April 2015. Retrieved 14 May 2010.
  8. ^ Sedano, Pedro Salvador (2000). «Counterpoise Corrected Potential Energy Surfaces». University of Girona. Retrieved 14 May 2010.
  9. ^ Paizs, Béla; Suhai, Sándor (1998). «Comparative study of BSSE correction methods at DFT and MP2 levels of theory». J. Comput. Chem. 19 (6): 575–584. doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19980430)19:6<575::AID-JCC1>3.0.CO;2-O.
  10. ^ Mentel, Lukasz; Baerends, Evert Jan (2013). «Can the Counterpoise Correction for Basis Set Superposition Effect Be Justified?». J. Comput. Chem. 10 (1): 252–267. doi:10.1021/ct400990u. PMID 26579908.
  11. ^ Mayer, I. (2004). «Interrelations between the a priori and a posteriori BSSE correction schemes». Int. J. Quantum Chem. 100 (4): 559–566. doi:10.1002/qua.10827.

350 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

Рис. 5.1. Распределение электронной плотности в пространственных равновесных структурах димера (а) и тримера (б) ацетилена. Воспроизводится с разрешения из [5.3]. Сopyright 1996 American Chemical Society

NH2, CH3) равна 20—40 ккал/моль, а энергия отрыва иона в ион-молеку- лярных комплексах типа YЧC4O2(NH2)2 составляет 122,6 (Y = Ca2+), 179,9 (Y = Mg2+) и 259,9 (Y = Be2+) ккал/моль соответственно [5.2].

В газовой и жидкой фазах существуют комплексы из трех и большего числа молекул (тримеры, тетрамеры, пентамеры и т. д.), например, (HF)3, (HF)6, (H2O)3, (NH3)3, (С2Н2)3, для которых циклическая структура, как правило, более устойчива, чем цепочечная (рис. 5.1). Для таких систем полная энергия взаимодействия неаддитивна, она отличается от суммы парных взаимодействий молекул.

Информацию о межмолекулярных взаимодействиях получают из экспериментов по рассеянию атомных и молекулярных пучков, измерений теплофизических свойств жидкостей и газов, измерений энергий сублимации, фононных спектров и упругих характеристик кристаллов, спектроскопических измерений колебательно-вращательных спектров, времен спиновой и спиново-решеточной релаксации [5.4—5.6], но все эти методы дают лишь косвенную информацию и не позволяют установить природу взаимодействий, что является задачей квантовой химии.

Ограничимся рассмотрением невалентных взаимодействий в молекулярных системах в газовой фазе. Существуют два неэмпирических подхода к квантово-химическому описанию таких взаимодействий. Первый из них состоит в вариационном расчете комплекса из нескольких молекул как единой системы — «супермолекулы», второй использует теорию возмущений, рассматривая межмолекулярное взаимодействие как малое возмущение молекул, являющихся частью некоторой системы [5.7—5.9]. Разрабатывают также различные полуэмпирические модификации этих подходов, среди которых наиболее известно атом-атом- ное приближение [5.10].

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

351

5.1.КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ МЕЖМОЛЕКУЛЯРНЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ

5.1.1. Метод супермолекулы

Вариационный расчет супермолекулы — совокупности молекул, входящих в систему, — ничем принципиально не отличается от расчета отдельных молекул. Его спецификой является лишь тот факт, что молекулы в системе разделены расстояниями R і 3 и электронная плотность в межмолекулярном пространстве довольно мала и почти однородна. Кроме того, при таких расстояниях соотношение различных вкладов в энергию системы таково, что основной вклад во взаимодействие определяется электростатикой и корреляцией электронов; результирующие силы известны как силы Ван-дер-Ваальса. Оба обстоятельства требуют для описания расширенный базис с хорошо подобранными функциями и учет эффекта корреляции электронов. Из-за малости и почти однородности ЭП в межмолекулярном пространстве, а также ограниченной точности корреляционных функционалов, стандартные методы основанные на теории функционала плотности (ТФП) оказались непригодными для описания ван-дер-ваальсовых взаимодействий с доминирующим вкладом корреляции электронов [5.11]. Поэтому разработано несколько версий методов ТФП, включающих нелокальные обменно-корреляционные функционалы, которые содержат член, специально калиброванный для описания дальнодействующих сил [5.12—5.15]. Тем не менее, исследование эффектов межмолекулярного взаимодействия с помощью методов типа метода связанных кластеров и с использованием широких базисных наборов является предпочтительным.

Структура супермолекулы обычно имеет те же элементы, что и обычный молекулярный граф: в ней можно выделить линии связи, соединяющие атомы в разных молекулах и проходящие через критические точки (КТ) типа (3, –1) в электронной плотности, а также кольцевые и клеточные КТ в межмолекулярном пространстве, причем полный набор критических точек подчиняется правилу Пуанкаре—Хопфа (см. подразд. 4.3.2).

Рассмотрим характерные особенности распределения электронной плотности в супермолекулах димеров бензола с Т-образной, параллельно-сме- щенной и сэндвичеобразной структурой (рис. 5.2, см. цв. вклейку). В газовой фазе первые два типа димеров отвечают минимумам на поверхности потенциальной энергии (структура с параллельно-смещенными молекулами более устойчива), а сэндвич — переходному состоянию между ними. Принято считать, что параллельно-смещенная и сэндвичеобразная структуры образуются за счет стекинг-взаимодействий — невалентных взаимодействий между выложенными в стопку молекулами. Эти взаимодействия реализуются между p-системами ароматических колец и имеют ван-дер- ваальсову природу. Такие взаимодействия, наряду с водородной связью, играют важнейшую роль в формировании структуры биомолекул, в частности, двойной спирали ДНК. На рис. 5.2 приведена картина межмолекулярных линий связи и критических точек разных типов в трех указан-

352 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

ных супермолекулах. Как мы видим, стекинг-взаимодействия действительно проявляются в виде линий связи ЭП в параллельно-смещенной и сэндвичеобразной структурах, причем их число зависит от взаимного расположения мономеров в системе [5.16—5.18]. Наиболее энергетически стабильной системе соответствует наибольшая энергия межмолекулярного взаимодействия. Необходимо подчеркнуть низкие значения ЭП и лапласиана ЭП в КТ межмолекулярных связей, равные r(rb) ~ 0,0035 ат. ед. и С2r(rb) ~ 0,009 ат. ед. соответственно.

Димер ацетилена, отвечающий глобальному минимуму ППЭ (см. рис. 5.1, а), представляет собой пример так называемой «конфликтной» системы, которые встречаются при расчетах в газовой фазе молекулярных систем с фиксированной геометрией. Линия связи в этом димере соединяет атом Н одной молекулы с критической точкой (3, –1) на связи СС другой, причем распределение ЭП вокруг межмолекулярной КТ связи почти однородно. Поскольку минимум ППЭ неглубок, бесконечно малое смещение атомов С от их фиксированных положений приводит к тому, что линия межмолекулярной связи смещается к более близкому соседнему атому. Такая энергетическая и топологическая нестабильность заставляет систему совершать колебания между двумя устойчивыми состояниями. На деле это означает, что молекулярные системы типа димера ацетилена существуют лишь как динамические системы.

В случае, когда взаимодействие происходит между разными молекулами или между молекулами, имеющими неподеленные электронные

Аr

Аr

КТ (3, –1)

O

C

O

O

C

O

а

б

Рис. 5.3. Распределения электронной плотности (а) и лапласиана ЭП (б) равновесной системы ArЧCO2 [расчет методом МР2/TZ2P+G(df)]. Стрелка указывает область локальной концентрации заряда в валентной оболочке атома Ar. Изолинии проведены с интервалом (2, 4, 8) Ч 10n ат. ед. (n = –3, –2, –1, 0, 1, 2, 3); на карте лапласиана ЭП отрицательные значения функции, показанные непрерывными линиями, отвечают концентрации электронов. Воспроизводится с разрешения из [5.19]. Сopyright 1998 American Chemical Society

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

353

пары, в электронном распределении наблюдаются интересные особенности. Рассмотрим равновесную систему ArЧCO2, распределение ЭП и лапласиана ЭП которой показано на рис. 5.3. Энергия взаимодействия ArЧЧЧCO2 равна 0,68 ккал/моль. На линии ArЧЧЧC в электронной плотности имеется критическая точка (3, –1), параметры которой весьма близки к характеристикам аналогичной точки, отвечающей стекинг-взаимодействиям в димере бензола [5.3, 5.19]. Таким образом, можно заключить, что линия, соединяющая ядра атомов Ar и C, является линией связи. Кроме того, в валентной оболочке атома Ar наблюдаются области концентрации и деконцентрации заряда, которые различаются в максимальном и минимальном значениях С2r на 0,03 ат. ед. Максимум локальной концентрации заряда лежит на линии связи ArЧЧЧC и направлен на область деконцентрации заряда в валентной оболочке атома С в молекуле CO2; такое расположение взаимно дополнительных элементов электронной структуры благоприятствует связыванию в димере ArCO2.

Похожая картина связывания наблюдается в димере (Cl2)2 (рис. 5.4): область концентрации электронов, обусловленная неподеленными электронными парами одного мономера, «смотрит» на область деконцентрации электронов за ядром на продолжении линии внутримолекулярной связи в другом мономере. Расстояние, разделяющее молекулы в димере,

КТ (3, –1)

Cl

Cl

Cl

Cl

а

б

в

Рис. 5.4. Распределение электронной плотности (а) и трехмерное (б) и двумерное (в) изображения распределения лапласиана электронной плотности в молекулярном димере (Cl2)2 [расчет методом MP2//6-311++G(2d)]. Показаны также границы атомных бассейнов и межмолекулярная критическая точка (3, –1). Изолинии проведены с интервалом (2, 4, 8) Ч 10n ат. ед. (n = –3, –2, –1, 0, 1, 2, 3); на карте лапласиана ЭП отрицательные значения функции показаны непрерывными линиями [5.20]

354 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

b

a

o

c

а

б

Рис. 5.5. Структура кристалла Cl2 (а) и распределение лапласиана электронной плотности в слое молекул (б), полученное методом ХФ//6-21G*. Показаны также положения межмолекулярных критических точек (3, –1). Изолинии проведены с интервалом (2, 4, 8) Ч 10n ат. ед. (n = –3, –2, –1, 0, 1, 2, 3); отрицательные значения лапласиана ЭП показаны непрерывными линиями [5.20]

составляет RClЧЧЧCl = 3,368 , параметры КТ межмолекулярной связи: r(rb) = 0,0067 ат. ед., С2r(rb) = +0,0296 ат. ед., а энергия межмолекулярного взаимодействия равна 1,61 ккал/моль. Важно также отметить следующий обнаруживающийся факт: свободный димер (Cl2)2 весьма близок по строению к аналогичному фрагменту структуры в молекулярном кристалле Cl2 (рис. 5.5). Молекулы Cl2 образуют в ромбической элементар-

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

355

ной ячейке этого кристалла слои, параллельные плоскости , причем кратчайшее расстояние между соседними молекулами в плоскости равно 3,284 , а взаимная ориентация молекул в слое такая же, как и в димере. Сравнивая рис. 5.4 и рис. 5.5, нетрудно убедиться в том, что пространственная организация областей повышенной и пониженной концентрации электронов в димере и кристалле, отражающаяся в лапласиане ЭП, одинакова, а параметры межмолекулярной связи в кристалле — r(rb) = 0,0092 ат. ед. и С2r(rb) = +0,0434 ат. ед. — имеют одинаковый порядок с таковыми в димере. К этому необходимо добавить, что угол ClClЧЧЧCl в димере, составляющий 176,4°, близок к аналогичному углу в кристалле (170,4°). Прецизионный рентгеноструктурный анализ дает экспериментальное подтверждение изложенным фактам [5.20].

Картину межмолекулярного связывания, при котором локальная область электронной концентрации выступает как нуклеофил, а область локальной деконцентрации электронов ведет себя как электрофил, можно истолковать как признаки одного из механизмов молекулярного распознавания. Эти механизмы очень важны в супрамолекулярной химии и биохимии. Кроме того, они зачастую определяют трехмерную архитектуру органических и элемент-органических кристаллов [5.18, 5.21, 5.22]. Подчеркнем деталь, важную для молекулярного дизайна новых соединений: в системах с таким характером межмолекулярного взаимодействия можно приблизительно оценить структуру кристалла, зная строение молекулярного димера, при условии, что последний обладает конформационной жесткостью.

Отметим, что притяжение неподеленных электронных пар одной молекулы в кристалле Cl2 к ядрам ближайших атомов в соседних молекулах в слое увеличено в силу специфики электронного распределения в валентных электронных оболочках (см. рис. 5.4 и 5.5). Это объясняет наличие укороченного межмолекулярного контакта ClЧЧЧCl, намного меньше-

го, чем удвоенный ван-дер-ваальсов радиус атома хлора 2RВдВ = 3,6 . Такая особенность проявляется как в димере (Cl2)2, так и в молекуляр-

ном кристалле хлора и, следовательно, имеет общий характер.

В молекулярных кристаллах случаи, когда кратчайшие расстояния между соседними молекулами меньше, чем сумма ван-дер-ваальсовых радиусов контактирующих атомов, встречаются нередко. Невалентные взаимодействия такого рода часто называют «специфическими» [5.23], поскольку классическая структурная химия не находит им объяснения. В то же время, в рамках квантово-топологической теории такое объяснение получается естественным образом.

Мы видим, что во всех рассмотренных комплексах параметры КТ межмолекулярных связей близки по величине. Анализ показывает, что их типичные значения для ван-дер-ваальсовых связей следующие (в ат. ед.):

r(rb) = 0,003—0,010, С2r(rb) = 0,01—0,04, e(rb) ~ 0,001; Ѕv(rb)Ѕ/g(rb) < 1, g(rb)/r(rb) > 1. Таким образом, молекулярные ван-дер-ваальсовы взаимо-

действия относятся к I-й группе взаимодействий, согласно классификации, представленной в гл. 4.

Важно подчеркнуть следующее. Механизм ван-дер-ваальсовых взаимодействий ничем не отличается от механизма, определяющего образо-

356 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

вание молекул. Мы подробно рассмотрели его в подразд. 4.1.3, где проанализировали процесс образования молекулы Ar2. На расстояниях R > 4 пара атомов Ar слабо связана и полная энергия системы отрицательна (см. рис. 4.2, а). В то же время на каждое ядро в этой системе действует сила Гельмана—Фейнмана (4.4), а на электроны — сила Эренфеста (см. разд. 4.4.), то есть система нестабильна. При R > 4—5 соотношение этих сил таково, что взаимодействие в значительной мере определяется корреляцией электронов. Действие результирующих сил, сил Ван-дер-Ва- альса, проявляется в виде поляризации атомных электронных облаков. Другими словами, на каждом из атомов индуцируется дипольный момент, и центры тяжести атомных электронных облаков смещаются друг к другу, образуя соединяющий ядра мостик ЭП [5.24] (см. рис. 4.1). Это и приводит к тому, что действующие на ядра силы Гельмана—Фейнмана будут притягивающими вплоть до сближения ядер на равновесное расстояние Re.

Из теоремы вириала (4.19) следует, что, поскольку при больших расстояниях сила Гельмана—Фейнмана в системе Ar2 отрицательна и стремится «сдвинуть» ядра по направлению друг к другу, то при уменьшении R кинетическая энергия системы должна уменьшаться, а потенциальная — увеличиваться по абсолютной величине по сравнению с соответствующими энергиями суперпозиции невзаимодействующих атомов. При этом уменьшение кинетической энергии доминирует. Чтобы вклад электронов в межъядерной области в притягивающие силы превышал при R > Re силу отталкивания ядер, между ядрами, должны аккумулироваться электроны. Соответственно потенциальная энергия в этой области понижается. Согласно теореме вириала потенциальная энергия вносит наибольший стабилизирующий вклад в понижение общей энергии в тех областях, где сконцентрированы электроны.

Таким образом, механизм связывания в ван-дер-ваальсовых системах таков же, как и в валентно связанных молекулах. Имеются, однако, два важных количественных отличия. Во-первых, глубина равновесного минимума на ППЭ в ван-дер-ваальсовых комплексах в ~100 раз (в комплексах благородных газов — в ~1000 раз) меньше чем в обычных молекулах. Во-вторых, электронная плотность в КТ межмолекулярных связей гораздо ниже, чем в КТ валентных связей.

Энергия межмолекулярного взаимодействия молекул А, В, С, … , составляющих комплекс АВС …, равна

Емежмол = ЕАВС… – (ЕА + ЕВ + ЕС + …).

(5.1)

Емежмол — маленькая величина, равная ~1 % от полной энергии системы, и для ее расчета необходимо очень точно вычислять энергию каждого ком-

понента. По той же причине, что и в случае расчета энергии диссоциации молекул, здесь необходим учет электронной корреляции. Кроме того, чтобы описать потенциальную поверхность вдали от равновесия (R > 5 ) нужен широкий базисный набор, включающий диффузные функции и обеспечивающий согласование по размеру и пропорциональность между энергией системы и энергиями составляющих ее подсистем.

Вычисляя энергию взаимодействия молекул вариационным методом, следует иметь в виду, что набор базисных функций, относящихся ко всем

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

357

молекулам комплекса, более широк, чем базис, в котором рассчитывалась каждая молекула в отдельности. Поэтому возникает ошибка, известная как суперпозиционная ошибка базиса (basis set superposition error — BSSE). Она приводит к искусственному занижению энергии молекулярного комплекса, а значит к завышенной энергии взаимодействия. Чтобы исправить эту ошибку, наиболее часто используют метод компенсации суперпозиционной ошибки (counterpoise correction — CP) [5.25], идея которого состоит в следующем. Рассчитывают энергию комплекса, оптимизируя его структуру в полном базисном наборе; затем рассчитывают энергии отдельных молекул с оптимизированной геометрией в базисе, который содержит «орбитали-призраки» — функции, центрированные на атомных центрах соседних молекул. При этом полагают, что заряды ядер последних равны нулю, и берут число электронов равным таковому в рассматриваемой молекуле. Тогда компенсационная поправка на суперпозиционную ошибку базиса равна

&3 $ $%& %$%& &$%& $ $ %% && (5.2)

а исправленная энергия взаимодействия молекул

Емежмол (исправл) = Емежмол – DEСР .

(5.3)

Величину суперпозиционной ошибки и ее зависимость от базисного набора иллюстрирует табл. 5.1. Приведенные данные справедливы для всех расчетных методов: по мере расширения базисного набора и его балансировки суперпозиционная ошибка базиса уменьшается и даже становится равной нулю.

Таблица 5.1. Суперпозиционная ошибка базисных наборов (ккал/моль) при расчете энергии межмолекулярного взаимодействия в димере воды

методом BLYP

Базисный набор

Энергия молекулярного

Суперпозиционная ошибка

взаимодействия

базисного набора

STO-3G

13,1

10,9

3-21G

14,7

9,4

6-31G(d, p)

7,9

3,3

6-31+4-G(d, p)

5,6

0,8

6-311++G(d, p)

5,4

0,8

6-3114+G(3df, 2p)

4,5

0,3

aug-cc-pVDZ

4,3

0,2

aug-cc-pVTZ

4,2

0,0

aug-cc-pVQZ

4,2

0,0

358 Г л а в а 5. Невалентные взаимодействия в молекулярных системах

Описанный метод компенсации суперпозиционной ошибки исправляет погрешность расчета posteriori и не дает исправленной волновой функции, из которой можно было бы определить правильное значение энергии молекулярного взаимодействия, вычисляя среднее значение соответствующего оператора Гамильтона. Такую возможность предоставляет другой метод, использующий так называемый химический гамильтониан [5.26]. Идея метода состоит в том, что матричные элементы гамильтониана разделяются на внутримолекулярные, «чисто межмолекулярные» и связанные с суперпозиционной ошибкой базиса. Последние устраняются из рассмотрения, из-за чего гамильтониан теряет свойство эрмитовости. Тем не менее, используя теорему Бриллюэна, можно построить набор самосогласованных уравнений, которые позволяют получить псевдоканонические МО, а с помощью последних можно вычислить энергию молекулярного комплекса, свободную от суперпозиционной ошибки. Такую схему можно построить не только в методе Хартри— Фока, но и в методах Кона—Шэма [5.27] и теории возмущений Мёлле- ра—Плессета [5.28]. Результаты, получаемые в рамках методов компенсации суперпозиционной ошибки и химического гамильтониана, при достаточно широком сбалансированном базисе стремятся к одним и тем же значениям.

5.1.2. Методы теории возмущений

Другой неэмпирический подход состоит в использовании теории возмущений Рэлея—Шредингера [5.4—5.6] (см. подразд. 3.3.2). Отдельные молекулы системы АВС… описывают гамильтонианами НА, НВ, НС, …, а полный гамильтониан системы представляют в виде Н = Н0 + V. Здесь Н0 = НА + НВ + НС + …, а V — малое по величине при больших расстояниях между молекулами возмущение, описывающее межмолекулярное взаимодействие, которое носит электростатический характер.

Для простоты рассмотрим случай взаимодействия двух молекул А и В. Оператор возмущения имеет вид (в атомной системе единиц)

. $

1

$

= D

. % 1%

= E

1

$

1%

. $

. %

= D

= E

9 ¦ ¦

U

¦ ¦

U

¦ ¦

U

¦ ¦

5

L z M D z E

(5.4)

D

L

DL

E L EL

L

M LM

D

E

DE

где индексы а и b нумеруют ядра в молекулах А и В, а i и j — электроны. Первые два члена выражения (5.4) описывают энергию электростатического притяжения электронов и ядер, а два других — энергию межэлектронного и межъядерного отталкивания. Считают, что при расстоянии между молекулами, превышающем 4—5 , межмолекулярной интерференцией волновых функций, а следовательно, и обменом можно пренебречь. Тогда волновую функцию молекулярной системы Y можно записать в виде произведения волновых функций молекул YА и YВ, при этом соответствующее уравнение Шредингера имеет вид

(НА + НВ)YАnYВm = (ЕАn + ЕВm)YАnYВm.

(5.5)

5.1. Квантово-химический анализ межмолекулярных взаимодействий

359

Энергии ЕАn и ЕВm и квантовые числа n и m характеризуют состояния изолированных молекул. Заметим, что при учете обмена представление волновой функции в виде Y = YАYВ неоправданно и полная волновая функция должна быть антисимметризована. Такой путь ведет к более сложной (но и более точной) симметрийно-адаптированной теории возмущений [5.29].

Энергия прямого электростатического взаимодействия невозмущен-

ных молекул

Е0 = бYАnYВmЅVЅYАnYВmс

(5.6)

представляет собой среднее значение оператора возмущения, вычисленное с невозмущенными волновыми функциями (первый порядок теории возмущений). Выражение (5.6) можно переписать и через электронные плотности состояний изолированных молекул:

(ЫЙ ПР

¦ = D і UPP% UM

GUM ¦ = E

і UQQ$ UL

GUL

UDM

D P

E Q

UEM

(5.7)

U$

U%

= D = E

¦

і

U

U

GU

GU

¦

D z E

5

QQ

L

PP

M

U

L

M

Q P

LM

D E

DE

Теперь члены, ответственные за электронно-ядерное притяжение молекул и их межэлектронное и межъядерное отталкивание, наглядно видны.

Вклады в энергию межмолекулярного взаимодействия, связанные со взаимной поляризацией молекул, описываются более высокими порядками теории возмущений. Обычно ограничиваются вторым порядком; тогда выражение для поляризационной энергии двух молекул, находящихся в основных состояниях, имеет следующий вид (см. подразд. 3.3.2):

(НМЙЭО

<$$Q<%P$

9

<$%<% %

(5.8)

¦

(Q ( (P (

Q

P

В этом выражении можно выделить два разных по физическому содержанию члена:

Eполяр = Eинд + Eдисп.

(5.9)

Индукционная энергия

(

ЖЛВ

¦

<$

<%P

9

<

$ <%

¦

<

$Q

<%

9

<

$ <%

(5.10)

(

(

%

%

$

$

P

(P

Q

(Q

отвечает взаимодействию невозмущенной молекулы А с поляризованной ею молекулой В — первое слагаемое в (5.10) — и, наоборот, взаимодействию невозмущенной молекулы В с поляризованной ею молекулой А — второе слагаемое в (5.10). Энергия Еинд для молекул в основном состоянии всегда отрицательна, то есть отвечает притяжению. Для нейтральных

В квантовой химии вычисления с использованием конечных базисных наборов подвержены ошибке суперпозиции базисных наборов ( BSSE ). По мере приближения атомов взаимодействующих молекул (или разных частей одной молекулы — внутримолекулярного BSSE) их базисные функции перекрываются. Каждый мономер «заимствует» функции у других близлежащих компонентов, эффективно увеличивая свой базисный набор и улучшая расчет производных свойств, таких как энергия . Если полная энергия минимизирована как функция геометрии системы, ближние энергии из смешанных базисных наборов должны сравниваться с дальнодействующими энергиями из несмешанных наборов, и это несоответствие вносит ошибку.

Помимо использования бесконечных базисных наборов, существуют два метода устранения BSSE. В подходе химического гамильтониана (CHA) смешение базисных наборов предотвращается априори путем замены обычного гамильтониана гамильтонианом, в котором все члены, содержащие проектор , которые позволяли бы смешение, были удалены. В методе противовеса (CP) BSSE вычисляется путем повторного выполнения всех вычислений с использованием смешанных базисных наборов, а затем ошибка вычитается апостериори из нескорректированной энергии. (Смешанные базисные наборы реализуются путем введения «фантомных орбиталей», функций базисных наборов, которые не имеют электронов или протонов. Однако было показано, что существует неотъемлемая опасность при использовании поверхностей с коррекцией энергии с противовесом из-за несовместимого эффекта поправки в разных областях энергетической поверхности.) Хотя концептуально эти два метода сильно различаются, эти два метода обычно дают схожие результаты. Также было показано, что ошибка часто больше при использовании метода CP, поскольку центральные атомы в системе имеют гораздо большую свободу смешивания со всеми доступными функциями по сравнению с внешними атомами. В то время как в модели CHA эти орбитали не обладают большей внутренней свободой, и поэтому поправка обрабатывает все фрагменты одинаково. Ошибки, присущие любой коррекции BSSE, исчезают быстрее, чем полное значение BSSE в более крупных базисных наборах.

Рекомендации

Смотрите также

  • Базовый набор (химия)
  • Квантовая химия
  • Компьютерные программы по квантовой химии

  • Суточный монитор ад bplab коды ошибок
  • Сузуки свифт ошибка р0171
  • Супермаркет предоставляет покупателям бытовой техники дополнительные бонусы речевая ошибка
  • Сузуки гранд витара ошибка c1224
  • Сурья намаскар для начинающих как правильно выполнять типичные ошибки